结论：单位在员工自主创业期间继续代扣代缴社保的合法性需分情况讨论，具体取决于双方是否存在劳动关系及是否达成合法约定。以下从不同角度展开分析：

1. 若员工与单位仍存在劳动关系

• 合法性依据：根据《社会保险法》第58条、第60条，用人单位必须为与其存在劳动关系的员工缴纳社保，代扣代缴是法定义务。即使员工自主创业，若未与单位解除劳动合同（如停薪留职、内部创业等情形），单位仍需履行社保缴纳义务，代扣代缴行为合法。
• 例外情形：若双方协商一致，员工书面承诺自行缴纳社保并承担全部费用，单位可暂停代扣代缴，但需注意：
  • 约定不得违反《社会保险法》强制性规定（如单位仍需承担单位部分费用）；
  • 员工需实际自行缴纳，否则单位可能因未履责面临行政处罚（如补缴、滞纳金）。

2. 若员工与单位已解除劳动关系

• 非法性：劳动关系终止后，单位无权代扣代缴社保。此时员工需以灵活就业人员身份自行缴纳，或通过新用人单位缴纳。若单位继续代扣代缴，可能涉及：
  • 违法扣款：未经员工同意扣款可能违反《劳动合同法》第9条（禁止扣押证件或要求担保）；
  • 社保欺诈：若单位虚构劳动关系为员工缴纳社保，可能涉嫌骗取社保待遇，需承担行政责任甚至刑事责任。

3. 实务建议

• 对单位：
  1. 明确劳动关系状态：通过书面协议（如《劳动关系解除协议》或《内部创业协议》）约定社保缴纳方式；
  2. 避免单方代扣：若员工已离职，应及时办理社保减员，避免法律风险。
• 对员工：
  1. 保留劳动关系证据：如劳动合同、工资流水等，以确认社保缴纳义务主体；
  2. 监督社保缴纳：可通过社保官网或APP查询缴费记录，若发现单位违规代扣，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

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