关于“员工自主缴纳社保是否合法”的问题，这确实是一个需要细致分析的情况，因为它涉及到劳动法、社会保险法等多方面的法律规定。以下是我对这个问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，在一般情况下，与用人单位存在劳动关系的员工是不能自主缴纳社保的。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。这是用人单位的法定义务，具有强制性，不能通过私下协议来免除。

然而，也存在一些特殊情况，员工自主缴纳社保并不违法：

1. 灵活就业人员身份参保：

   • 对于自由职业者、个体工商户等未与任何用人单位建立劳动关系的群体，他们以灵活就业人员的身份自行缴纳社保是完全合法的。
   • 这类人员通常可以缴纳基本养老保险和基本医疗保险，具体标准和方式由各地社保部门规定。

2. 用人单位未提供参保条件：

   • 当用人单位存在不依法为员工办理社保登记等违法行为，导致员工无法通过单位参加社保时，员工为了保障自身的社保权益，自行缴纳社保并不违法。
   • 在这种情况下，员工有权要求用人单位承担法律责任，如补缴社保费用、赔偿损失。

但需要注意的是，在存在劳动关系的情况下，员工与用人单位约定由员工自行缴纳社保而用人单位给予补贴的做法是违法的。这种做法违反了法律法规的强制性规定，损害了员工的合法权益和社会公共利益。如果用人单位因此未履行其法定的社保缴纳义务，或者员工因未缴纳社保而遭受损失，用人单位仍需承担相应的法律责任，包括赔偿责任和可能的行政处罚。

综上所述，员工自主缴纳社保是否合法，需根据具体情况判断。在灵活就业或用人单位未提供参保条件的情况下自行缴纳不违法；但在存在劳动关系时，员工自行缴纳社保并不能免除用人单位的法定缴纳义务，此时若双方约定由员工自行缴纳则违法。

因此，我建议员工和用人单位都应了解并遵守相关的法律法规，确保社保的缴纳符合法律规定。对于员工来说，要了解自己的社保权益，不要轻易放弃社保保障；对于用人单位来说，要履行其法定的社保缴纳义务，避免不必要的法律风险。在签订任何相关协议前，建议双方咨询专业法律顾问，确保协议的合法性和有效性。