结论：上班期间是否允许扣留手机，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

从公司规章制度角度

1. 若公司规章制度合法且合理：如果公司有明确且合法的规章制度，规定在特定工作场景或岗位下，为保障工作秩序、信息安全等合理原因，可以暂时扣留员工手机，并且该制度已经向员工公示或告知，员工也签字确认知晓，那么在符合这些特定条件时，公司扣留手机的行为可能具有合法性。例如，在一些涉及国家机密、商业秘密的特殊工作岗位，为防止信息泄露，公司规定工作期间统一保管手机，这种规定通常是合理且被允许的。
2. 若公司规章制度不合法或不合理：如果公司的规章制度没有经过民主程序制定，或者没有向员工公示、告知，又或者规定的内容明显不合理，侵犯了员工的合法权益，那么公司依据这样的制度扣留手机就是不合法的。比如，公司随意制定制度，要求所有员工在任何工作场景下都必须上交手机，且没有任何合理理由，这就可能侵犯了员工的通信自由等权利。

从法律规定角度

1. 侵犯通信自由权：根据相关法律规定，公民的通信自由和通信秘密受法律保护。除因国家安全或者追查刑事犯罪的需要，由公安机关或者检察机关依照法律规定的程序对通信进行检查外，任何组织或者个人不得以任何理由侵犯公民的通信自由和通信秘密。公司扣留员工手机，可能在一定程度上限制了员工与外界的通信，如果这种限制没有合法依据，就可能侵犯了员工的通信自由权。
2. 侵犯人格尊严权：人格尊严权是公民的基本权利之一，包括名誉权、肖像权、姓名权、隐私权等。手机中往往存储着员工的个人隐私信息，如照片、聊天记录等。公司扣留手机，如果存在擅自查看、泄露员工手机中隐私信息等行为，就可能侵犯员工的人格尊严权。

法律建议

1. 对于员工：如果公司扣留手机的行为让你觉得不合理或侵犯了你的权益，你可以先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣留手机的理由和依据。如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。在处理过程中，要注意保留好相关证据，如公司的规章制度、扣留手机的通知、与公司的沟通记录等。
2. 对于公司：公司在制定涉及员工权益的规章制度时，要确保制度的合法性和合理性，经过民主程序制定，并向员工公示、告知。在实施扣留手机等措施时，要有明确的合理理由，并且不能侵犯员工的合法权益。如果因扣留手机引发纠纷，要积极与员工沟通协商，妥善解决问题。

如果你在上班期间遇到了公司扣留手机的情况，或者有其他劳动纠纷方面的问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。