结论：员工非因公患病需长期治疗，在休3个月病假后仍无法继续工作，公司是否可以合法解除劳动合同，需分情况讨论。

分析如下：

1. 医疗期内的保护：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。
   • 在医疗期内，公司不得依据《劳动合同法》第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这意味着，如果员工仍处于医疗期内，即使其病假已满3个月且仍无法工作，公司也不能直接解除劳动合同。

2. 医疗期满后的处理：

   • 如果员工医疗期满后，仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，公司可以依据《劳动合同法》第四十条第一项的规定，提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。
   • 但在此情况下，公司需要支付经济补偿金。经济补偿金的计算依据是员工在公司的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。

3. 特殊情况的考虑：

   • 如果员工患的是特殊疾病（如癌症、精神病、瘫痪等），在24个月内尚不能痊愈的，经企业和劳动主管部门批准，可以适当延长医疗期。
   • 在延长医疗期内，公司同样不得解除劳动合同。

4. 合法解除的程序要求：

   • 即使公司决定在医疗期满后解除劳动合同，也需要遵循一定的程序要求，如提前通知、支付经济补偿金等。
   • 如果公司未按照法定程序解除劳动合同，员工有权要求公司继续履行劳动合同或者支付赔偿金。

建议：

• 对于公司而言，在处理此类情况时，应首先确认员工的医疗期是否已满，以及员工是否能够从事原工作或另行安排的工作。
• 如果决定解除劳动合同，应确保遵循法定程序，并支付相应的经济补偿金。
• 对于员工而言，如果认为公司的解除行为违法，可以依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁，或者向人民法院提起诉讼。

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