结论：员工旷工三次是否属于自动离职处理合法，取决于用人单位的规章制度内容、规章制度的制定程序是否合法，以及劳动合同中的相关约定。在符合法律法规的前提下，用人单位有权依据规章制度或劳动合同对旷工三次的员工进行相应处理；反之，则可能构成违法解除。
一、合法的情况
规章制度明确规定且程序合法：
- 用人单位有权依法制定规章制度，规定员工的行为规范及违纪处理办法。若规章制度中明确将旷工三次及以上列为严重违反公司纪律的行为，并且该规章制度的制定程序合法（如经过民主程序，向员工公示或告知），内容合理（与通常认知的严重违纪程度相符，没有不合理加重员工责任），则用人单位依据此规章制度对旷工三次的员工进行自动离职处理是合法的。
符合劳动合同约定：
- 劳动合同是用人单位与员工之间的法律协议，双方应严格遵守。若劳动合同中明确约定旷工达到一定次数（如三次）用人单位有权解除劳动合同，并且用人单位已证明已将该约定告知员工，那么用人单位对旷工三次的员工进行自动离职处理也是合法的。
遵循法定程序：
- 在对旷工三次的员工进行自动离职处理时，用人单位必须遵循法定程序，如提前通知员工、给予申辩机会等。如果用人单位按照法定程序操作，且没有其他违法行为，那么该处理行为将被认定为合法。
二、不合法的情况
规章制度程序违法或不合理：
- 如果用人单位的规章制度未经过民主程序制定，或者没有向员工公示或告知，那么员工有理由不知道这些规定。在这种情况下，用人单位以旷工三次为由对员工进行自动离职处理，可能会被认定为违法解除。
- 即使规章制度制定程序合法，但如果其中规定的旷工三次就自动离职的条款明显不合理（如考虑行业特点、工作环境、考勤管理等因素），那么直接对员工进行自动离职处理也可能不被法律认可。
证据不足：
- 用人单位必须提供充分证据证明员工确实旷工三次，否则自动离职处理行为可能被视为违法。证据应包括完整的考勤记录、对员工旷工行为的有效通知和确认等。
未遵循法定程序：
- 如果用人单位在对旷工三次的员工进行自动离职处理时没有遵循法定程序，如未提前通知、未给予申辩机会等，那么即使规章制度中有相关规定，该处理行为也可能被认定为违法。
三、员工权益保护
- 如果员工认为用人单位以旷工三次为由进行自动离职处理违法，可以首先与用人单位协商解决。协商不成时，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
四、建议
- 对于用人单位而言，在制定规章制度时，应确保规章制度的合法性和合理性，并严格按照法定程序执行。同时，在处理旷工问题时，应确保有充分的证据支持，并遵循法定程序。
- 对于员工而言，应严格遵守公司的规章制度和劳动法律法规的规定，按时出勤并履行工作职责。在发生旷工争议时，应寻求法律途径解决，以维护自己的合法权益。
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