当工程合同不合法时，首先需要明确的是，该合同的效力会受到影响，可能导致合同无效、可撤销或效力待定，具体取决于不合法的情形。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、确认合同不合法的类型及后果
内容违法：
- 若合同约定的事项违反国家法律强制性规定，如买卖毒品、枪支等，此类合同自始无效，无法律约束力。
- 后果：合同当事人应立即停止履行，并相互返还因合同取得的财产；不能返还或无需返还的，应折价补偿。有过错的一方应赔偿对方因此所受到的损失。
主体不具备资格：
- 例如，不具备房地产开发资质的企业签订商品房买卖合同或建设工程合同，这类合同同样可能被视为无效。
- 后果：与内容违法类似，合同无效后，当事人需停止履行，返还财产，并赔偿损失。
订立程序违法：
- 如应经过招投标程序的建设工程合同未经招投标即签订，也可能导致合同无效。
- 后果：合同无效，当事人需承担相应的法律责任，包括返还财产和赔偿损失。
存在欺诈、胁迫、重大误解、显失公平等情形：
- 此类合同为可撤销合同，受损害方有权请求法院或仲裁机构撤销。
- 后果：若合同被撤销，当事人需返还财产，有过错的一方需赔偿损失。
限制民事行为能力人、无权代理或无处分权人订立的合同：
- 此类合同效力待定，需经法定代理人或权利人追认后才有效。
- 后果：若被追认，则合同自始有效；若不被追认，则合同自始无效。善意相对人有撤销的权利。
二、具体处理方式
协商解决：
- 发现合同不合法后，合同当事人可自行沟通，本着平等、自愿、公平的原则，就合同问题及其后续处理事项进行协商，达成一致解决方案。
- 建议：在协商过程中，注意保留相关证据，如往来函件、会议记录等，以备后续需要。
申请仲裁：
- 若合同中约定了有效的仲裁条款，当事人可根据仲裁条款向约定的仲裁机构申请仲裁。
- 建议：仲裁具有专业性、高效性、保密性等特点，是解决合同纠纷的有效途径之一。在申请仲裁前，确保仲裁条款的有效性，并准备好相关证据。
提起诉讼：
- 当事人也可向有管辖权的人民法院提起诉讼，请求法院确认合同无效、撤销合同或处理相关的财产返还和赔偿问题。
- 建议：在诉讼过程中，需提供充分证据证明合同存在不合法的情形以及自己因此遭受的损失。同时，注意诉讼时效的限制。
行使撤销权（针对可撤销合同）：
- 受损害方应在知道或应当知道撤销事由之日起一定期限内（一般为一年，重大误解为九十日）向法院或仲裁机构提出撤销请求。
- 建议：及时行使撤销权，避免超过时效期限而丧失撤销权。
等待追认（针对效力待定合同）：
- 在法定期限内等待法定代理人或权利人的追认。若被追认，则合同自始有效；若不被追认，则合同自始无效。
- 建议：在等待追认期间，注意保护自己的合法权益，避免因合同无效而遭受损失。
三、预防与建议
- 加强合同审查：在签订合同前，仔细审查合同条款和对方的资质，确保合同的合法性、有效性和安全性。
- 完善合同管理：建立健全合同管理制度，明确合同签订、履行、变更、解除等各个环节的流程和责任。
- 及时咨询法律意见：在合同签订和履行过程中，如遇到法律问题或疑虑，及时向我咨询，以获取专业的法律意见和帮助。
面对不合法的工程合同，当事人应根据具体情形采取相应的处理措施，以维护自身的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。