员工在公司被告的情况下，仍然有权选择辞职。这一结论主要基于以下几点法律分析和实际情况考虑：
辞职是员工的法定权利：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工享有辞职的自由。无论公司是否涉及诉讼，员工都有权根据自己的意愿和职业发展需要，选择是否继续留在公司工作。
公司被告不影响员工辞职的合法性：
- 公司被告并不构成员工辞职的障碍。员工辞职的决定应基于个人职业规划、工作环境、薪资待遇等多方面因素，而非公司是否面临法律诉讼。只要员工按照法定程序提出辞职，并履行了相应的通知义务，其辞职行为就是合法的。
辞职程序与注意事项：
- 提前通知：员工应按照劳动合同或公司规章制度的规定，提前一定时间（如30天）向公司提出书面辞职申请。这是为了确保公司有足够的时间进行人员调整和工作交接。
- 工作交接：在辞职前，员工应与公司进行充分的工作交接，确保工作的连续性和稳定性。这有助于维护公司的正常运营秩序，也体现了员工的职业素养和责任感。
- 结算工资和福利：员工在辞职时，应与公司结算清楚工资、奖金、福利等所有应得款项。这是员工应享有的合法权益，也是公司应履行的法定义务。
可能面临的法律后果与风险防范：
- 如果员工未按照法定程序辞职：如未提前通知或未履行工作交接义务，可能会面临公司追究违约责任的风险。这可能导致员工需要支付违约金或赔偿公司因此遭受的损失。
- 如果公司存在违法行为：如拖欠工资、未缴纳社会保险等，员工在辞职时可以依法向公司主张权益，甚至可以通过法律途径维护自己的合法权益。
建议：
- 在决定辞职前，员工应仔细考虑自己的职业规划和未来发展，确保辞职决定是理性且明智的。
- 员工应了解并遵守相关的法律法规和公司规章制度，确保辞职程序的合法性和合规性。
- 如果员工在辞职过程中遇到任何问题或纠纷，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。