企业职工认为单位没有将自己的材料存入档案，可以提起民事诉讼。下面我将从几个方面详细解释这一问题：

1. 单位的义务：

   • 单位有义务妥善保管员工档案，这是劳动法赋予用人单位的一项基本职责。员工档案是记录员工工作经历、薪资待遇、奖惩情况等重要信息的文件，对于员工的职业发展具有重要意义。

2. 单位未存档的后果：

   • 如果单位未能将员工的材料存入档案，或者故意扣留员工档案，这将侵害员工的合法权益。员工可能会因此面临无法证明自己的工作经历、薪资待遇等问题，进而影响到就业、社保、退休等方面的权益。

3. 提起民事诉讼的依据：

   • 当员工的合法权益受到侵害时，员工有权依法向人民法院提起民事诉讼，要求单位承担相应的法律责任。在本案中，员工可以主张单位未能妥善保管自己的档案，要求单位承担因此造成的损失，并要求单位履行存档义务。

4. 起诉的流程：

   • 准备证据：收集能证明单位未存档或扣留档案的相关材料，如劳动合同、工作记录、与单位沟通档案问题的记录等。
   • 确定管辖法院：一般是用人单位所在地或者劳动合同履行地的基层人民法院。
   • 撰写起诉状：明确原告和被告信息，阐述诉讼请求，比如要求单位将材料存入档案或返还档案，以及说明事实和理由。
   • 提交起诉材料：向法院递交起诉状及证据，法院受理后会安排开庭。
   • 参与庭审：按照法院通知按时到庭，陈述自己的观点和证据，进行质证和辩论。
   • 等待判决：法院会根据审理情况作出判决，若员工胜诉，可依据判决要求单位履行相应义务。若单位不履行，可通过强制执行程序要求法院强制单位执行。

综上所述，企业职工认为单位没有将自己的材料存入档案时，可以提起民事诉讼来维护自己的合法权益。在起诉前，建议员工先与单位进行沟通协商，若协商无果再行起诉。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。