结论：公司因矿工三天扣除两千多工资的做法可能不合法，具体是否违法需结合劳动合同约定、公司规章制度以及实际矿工情况来判断。以下从多个角度为你详细分析：
一、从劳动合同约定角度分析
劳动合同的效力：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同一旦签订，即具有法律效力，双方应严格履行。
工资扣除的约定：
- 如果劳动合同中明确约定了矿工的处罚措施，包括扣除工资的具体数额或比例，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照约定扣除工资可能是合法的。
- 但，如果劳动合同中没有明确约定，或者约定不明确，公司就不能随意扣除工资。
二、从公司规章制度角度分析
规章制度的制定：
- 公司可以制定规章制度来规范员工的行为，包括矿工的处理措施。但规章制度必须经过民主程序制定，且内容不违反法律法规的强制性规定。
规章制度的公示与告知：
- 规章制度制定后，公司应当向员工公示或告知，确保员工了解并遵守。如果公司未公示或告知规章制度，员工有权不受其约束。
工资扣除的合理性：
- 即使公司有规章制度规定矿工可以扣除工资，但扣除的数额也应当合理，不能过分高于员工因矿工给公司造成的实际损失。
三、从实际矿工情况角度分析
矿工的原因：
- 如果员工矿工是因为不可抗力因素（如自然灾害、突发疾病等），且及时向公司说明了情况，公司一般不应扣除工资。
- 如果员工矿工是无正当理由的，公司可以根据劳动合同或规章制度的规定进行处理，但处理措施应当合法合理。
扣除工资的数额：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 在你的情况下，如果公司扣除的两千多工资超过了你当月工资的20%，或者扣除后你的工资低于当地最低工资标准，那么公司的做法就是违法的。
四、建议与行动
与公司沟通：
- 首先，你可以与公司进行沟通，了解公司扣除工资的具体原因和依据，看是否符合劳动合同和规章制度的规定。
申请劳动仲裁：
- 如果与公司沟通无果，你可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付被扣除的工资。在申请劳动仲裁时，你需要提供相关的证据材料，如劳动合同、工资条、矿工记录等。
寻求法律援助：
- 如果你对劳动仲裁的流程或结果不满意，或者需要更专业的法律帮助，你可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议和帮助。
最后，我想强调的是，每个劳动者的权益都应得到尊重和保护。如果你认为公司的做法不合法或不合理，不要害怕维权，要勇敢地站出来维护自己的合法权益。