当您通过劳务进厂工作却发现工资被扣时，您可以按照以下步骤来维护自己的合法权益：

首先，您需要明确单位扣工资的性质。根据法律规定，用人单位随意扣工资是违法的，您的权益是受法律保护的。因此，您需要了解扣工资的具体原因，判断单位是否有正当理由。

接下来，与单位进行沟通协商是解决问题的第一步。您可以与用人单位的人力资源部门或相关负责人进行交谈，了解扣工资的具体情况，并表达您的疑虑和要求。如果单位没有正当理由扣工资，您有权要求其足额支付工资。

在沟通过程中，为了保障自身权益，您需要收集各类证据。这些证据包括劳动合同（证明您与用人单位的劳动关系）、工资条（体现工资发放情况）、考勤记录（反映出勤状况）、工作证（证明您的工作身份）以及与单位沟通的聊天记录、通话录音等。这些证据将在后续的处理过程中起到重要作用。

如果与单位沟通后没有结果，您可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察大队会对此进行调查，并责令用人单位限期支付工资。如果用人单位逾期不支付，还需要按应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金。

另外，您也可以直接申请劳动仲裁来维护自己的权益。劳动仲裁委员会将在受理后45日内审结案件，对于复杂案件可延长15日。在申请劳动仲裁时，您需要提交相关证据，并详细陈述您的情况和要求。如果仲裁结果对您不利，您还可以在规定时间内向法院提起诉讼。

总之，当您发现工资被扣时，不要慌张，要冷静地分析问题并采取相应的措施来维护自己的合法权益。通过明确扣工资性质、与单位沟通协商、收集证据、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等步骤，您可以有效地解决这一问题。