结论前置：工厂“旷工一天扣三天工资”的做法是不合法的。正确的处理方式应仅扣除旷工当天的工资，除非员工的旷工行为给用人单位造成了实际经济损失，并且赔偿的扣除需遵循法律规定的限额和程序。
一、法律分析
旷工当天的工资处理：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资是员工提供劳动所应得的报酬。员工旷工一天，即未提供当天的劳动，因此用人单位有权不支付当天的工资，这是合理的。
额外扣除的合法性：
- 用人单位不得因员工旷工而额外扣除其他正常工作日的工资。这意味着“旷工一天扣三天工资”的计算方式明显超出了法律允许的范畴，违反了《工资支付暂行规定》中关于不得克扣或无故拖欠劳动者工资的规定。
经济损失的赔偿：
- 如果员工的旷工行为确实给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但赔偿的扣除需满足以下条件：
- 每月从员工工资中扣除的部分不得超过员工当月工资的20%；
- 扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
二、员工应对措施
与单位协商：
- 员工首先应与用人单位沟通，要求按照实际旷工天数合理扣除工资，并指出“旷工一天扣三天工资”的不合法性。在沟通过程中，保持冷静和理性，以事实为依据，以法律为准绳。
申请仲裁或投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位返还违法扣除的工资。在申请仲裁时，需要提供相关证据，如工资条、考勤记录、劳动合同等，以证明自己的权益受到了侵害。
- 同时，员工也可以向劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理。
法律诉讼：
- 如果对仲裁结果不满，员工还可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
三、预防措施与建议
完善合同管理：
- 在签订劳动合同时，员工应仔细审阅扣款相关条款，确保条款内容合法、合理，并拒绝签署空白合同或含有不合法扣款条款的合同。
关注制度更新：
- 员工应定期查阅公司公告栏或内部系统，及时获取公司规章制度的修订信息，确保自己了解并遵守最新的规章制度。
提升法律意识：
- 员工应积极参加劳动法规培训，关注典型案例，增强自我保护能力。在遇到法律问题时，能够运用法律知识维护自己的合法权益。
示例说明：假设某员工月工资为5000元，旷工一天，按照法律规定，用人单位只能扣除当天的工资（假设当天工资为200元），而不能额外扣除其他两天的工资。如果用人单位违法扣除了600元（三天工资），员工则有权要求用人单位返还违法扣除的400元（600元-200元），并可以通过申请仲裁或投诉等途径来维护自己的权益。
总之，面对“旷工一天扣三天工资”的不合法做法，员工应依法维权，确保自己的合法权益不受侵害。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。