结论：法院能否通过被挂靠公司要求协助执行，需根据具体情况判断，主要取决于被执行人挂靠公司承揽工程所得款项的性质、被执行人在该款项中的权益以及相关法律规定。以下从不同角度进行分析：
一、挂靠关系下款项的性质与权益归属
挂靠关系本质：
- 挂靠关系通常指被执行人（挂靠人）以被挂靠公司的名义承揽工程，但实际施工、管理、收益等均由挂靠人负责。
- 在这种关系下，工程款项虽名义上支付给被挂靠公司，但实际权益可能归属于挂靠人。
款项性质判断：
- 若工程款项明确属于挂靠人所有，且被挂靠公司仅作为代收代付方，则法院在执行时可能需考虑这一实际权益归属。
- 若款项性质不明确，或存在争议，法院可能需进一步审查挂靠协议、工程合同等证据，以确定款项的实际权益人。
二、法院协助执行的可能性与依据
协助执行义务：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权向有关单位查询被执行人的存款、债券、股票、基金份额等财产情况，并有权根据不同情形扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产。
- 若被挂靠公司持有属于被执行人的款项，法院有权要求其协助执行。
协助执行的具体情形：
- 款项明确属于被执行人：若法院通过审查确认工程款项实际属于被执行人所有，且被挂靠公司无合法理由占有或拒不支付，法院可要求被挂靠公司协助执行，将款项划拨至法院指定账户。
- 款项存在争议：若款项性质存在争议，法院可能需先通过诉讼或其他程序确认款项的实际权益人，再决定是否要求被挂靠公司协助执行。
- 被挂靠公司无过错：若被挂靠公司能证明其已按照挂靠协议或工程合同约定履行了相关义务，且对款项无实际控制权或过错，法院可能不会要求其协助执行。
三、实际操作中的注意事项
证据收集与审查：
- 法院在决定是否要求被挂靠公司协助执行时，会严格审查相关证据，包括挂靠协议、工程合同、付款凭证等。
- 挂靠人或被执行人应积极提供证据证明款项的实际权益归属，以支持其主张。
被挂靠公司的抗辩权：
- 被挂靠公司有权对法院的协助执行通知提出抗辩，如证明其已按照约定履行了相关义务，或款项不属于被执行人所有等。
- 法院会依法审查被挂靠公司的抗辩理由，并作出相应裁决。
法律后果与风险：
- 若被挂靠公司拒不协助执行，法院可依法对其采取罚款、拘留等强制措施。
- 挂靠人或被执行人应了解并评估协助执行可能带来的法律后果与风险，以便做出合理决策。
建议：若您面临此类情况，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的应对策略。同时，保留好相关证据材料，以便在需要时提供给法院审查。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。