结论：申请人可通过申请法院向挂靠公司发出协助执行通知书，要求其协助提取被执行人的工程款；若挂靠公司拒不协助，法院可对其采取罚款、拘留等强制措施，情节严重的追究刑事责任；若工程款存在争议，申请人可申请财产保全或提起代位权诉讼。以下为详细分析：

1. 申请法院向挂靠公司发出协助执行通知书
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，在执行过程中，若被执行人在第三人（此处为挂靠公司）处有到期债权（工程款可视为一种债权），申请人可以向法院提出申请，由法院向该第三人发出协助执行通知书，要求第三人协助提取被执行人的相应款项。
   • 操作流程：申请人需向执行法院提交书面申请，明确被执行人在挂靠公司的工程款情况，包括工程款的金额、支付条件是否成就等。法院审查申请后，若认为符合条件，会向挂靠公司发出协助执行通知书，要求其将属于被执行人的工程款支付至法院指定账户，再由法院转交给申请人。
2. 挂靠公司拒不协助的法律后果
   • 罚款与拘留：如果挂靠公司收到法院的协助执行通知书后，无正当理由拒不协助执行，法院可以根据情节轻重对挂靠公司予以罚款。对单位的罚款金额，为人民币五万元以上一百万元以下。同时，对挂靠公司直接负责的主管人员和其他直接责任人员，法院可以予以拘留，拘留的期限为十五日以下。
   • 追究刑事责任：若挂靠公司的拒不协助行为情节严重，构成犯罪的，依法追究刑事责任。例如，以暴力、威胁方法阻碍执行人员进入执行现场或者聚众哄闹、冲击执行现场，致使执行工作无法进行的；毁损、抢夺执行案件材料、执行公务车辆和其他执行器械、执行人员服装以及执行公务证件，造成严重后果的等情形。
3. 工程款存在争议时的处理方式
   • 申请财产保全：如果挂靠公司对工程款的金额、支付条件等提出异议，认为与被执行人之间存在争议，申请人可以在诉讼或仲裁过程中，向法院申请财产保全，冻结被执行人在挂靠公司的工程款，防止挂靠公司转移财产。申请财产保全需要提供相应的担保，以保障挂靠公司因保全错误可能遭受的损失得到赔偿。
   • 提起代位权诉讼：若被执行人怠于行使其对挂靠公司的到期债权，对申请人造成损害的，申请人可以依照《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求以自己的名义代位行使被执行人对挂靠公司的债权。在代位权诉讼中，申请人需要证明被执行人对挂靠公司的债权已经到期，且被执行人怠于行使该债权，同时该怠于行使债权的行为对申请人造成了损害。

在处理此类执行案件时，申请人应积极收集相关证据，如被执行人与挂靠公司之间的合同、工程款结算单据等，以证明被执行人在挂靠公司确实存在工程款及具体金额。若在执行过程中遇到复杂情况，可直接向我咨询。