被执行人的工程款可以通过以下方式执行，但需根据工程款性质及具体情况采取不同措施：

1. 若工程款已到期且未支付
   可直接向工程发包方（债务人）送达《履行到期债务通知书》，要求其直接向申请执行人支付。根据《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定（试行）》第45条，发包方若在15日内未提出异议且未履行的，法院可裁定对其强制执行。
   操作要点：需提供工程合同、结算单等证明工程款已到期的证据；若发包方提出异议（如工程质量争议、付款条件未成就等），则需通过代位权诉讼或另案主张权利。

2. 若工程款未到期或存在争议
   需先通过诉讼确认债权（如提起代位权诉讼或确认工程款归属之诉），待判决生效后再申请执行。根据《民法典》第535条，若被执行人怠于行使对发包方的到期债权，申请执行人可代位起诉发包方直接向自己履行债务。
   风险提示：代位权诉讼需满足“债务人怠于行使权利”及“影响债权人到期债权实现”等条件，否则可能被驳回。

3. 若工程款涉及农民工工资专用账户
   根据《保障农民工工资支付条例》第33条，农民工工资专用账户资金不得因支付为本项目提供劳动的农民工工资之外的原因被查封、冻结或划拨。若申请执行人主张执行该账户资金，需证明款项不属于农民工工资范畴（如提供账户资金流向、工资发放记录等证据）。
   例外情形：若工程款中包含非工资部分（如材料款、管理费等），可申请法院对超出工资部分执行，但需通过审计或双方确认划分比例。

4. 若工程款已支付至被执行人账户但被转移
   可申请法院撤销被执行人无偿或低价转让工程款的行为（如通过另案提起债权人撤销权之诉），恢复被执行人财产后再执行。根据《民法典》第538-539条，若被执行人恶意转移财产导致申请执行人债权受损，法院可撤销其行为并追回财产。
   举证责任：申请执行人需证明被执行人存在主观恶意（如低价转让、无偿赠与等）及行为与债权受损的因果关系。

建议行动步骤：

1. 调查工程款支付情况（合同、结算单、银行流水等）；
   
2. 根据款项性质选择直接执行、代位诉讼或撤销权诉讼；
   
3. 若涉及农民工工资账户，提前与劳动监察部门沟通确认资金性质；
   
4. 申请财产保全防止款项被进一步转移。
   

如有具体案件细节（如工程款金额、支付阶段、被执行人财产状况等），可进一步向我咨询，我会结合证据材料制定执行方案。