核心结论：在租赁土地期间修建违章建筑，合同终止时通常无法获得合法补偿，且可能面临行政处罚及自行拆除义务。具体处理需结合违章建筑性质、合同约定及地方政策综合判断。以下是详细分析：

1. 违章建筑的法律定性

根据《城乡规划法》第64条，未取得建设工程规划许可证或未按许可建设的建筑，属于违法建筑。此类建筑自始不受法律保护，无法通过合法途径主张补偿。即使租赁合同中有相关约定，该约定也可能因违反法律强制性规定而无效。

2. 合同终止时的处理原则

• 无补偿原则：因违章建筑本身违法，承租人无权要求出租人或政府补偿其建设成本。若合同明确约定“违章建筑由承租人自行处理”，则需按约定执行。
• 行政处罚风险：根据《行政强制法》，城管、规划等部门可责令限期拆除；逾期不拆的，可强制拆除并处以罚款（罚款标准因地而异，通常为建设成本的5%-10%）。
• 土地恢复义务：合同终止后，承租人需将土地恢复至租赁前状态（即拆除违章建筑并清理场地）。若未履行，出租人可自行处理并追偿费用。

3. 特殊情形下的补偿可能性

• 历史遗留问题：若建筑建于《城乡规划法》实施前（2008年1月1日），且符合当时政策，可能通过补办手续“转正”。但此类情形需以地方政策为准，且补办手续费用通常由承租人承担。
• 合同约定优先：若租赁合同明确约定“合同终止时，出租人按一定比例补偿承租人建设投入”，且该约定不违反法律强制性规定（如未将违章建筑合法化），则可能部分支持。但此类条款在实践中易引发争议，需结合具体证据判断。
• 政府征收补偿：若土地因公共利益被征收，违章建筑本身无补偿，但建筑内的设备、装修等可移动财产可能获得补偿（需提供购买凭证等证据）。

4. 实务建议

• 立即自查：确认建筑是否已取得规划许可、施工许可等合法手续。若未取得，建议尽快补办或拆除，避免行政处罚。
• 协商处理：与出租人协商，争取通过“折价回购”“延长租赁期”等方式减少损失。协商内容需书面固定，避免口头约定。
• 证据保留：保存建设投入凭证（如合同、发票）、租赁合同、沟通记录等，以备后续争议时使用。
• 法律程序：若对行政处罚或合同条款有异议，可在收到处罚决定或合同终止通知后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。

总结：违章建筑在合同终止时通常无法获得补偿，且可能面临行政处罚。建议优先通过协商或补办手续降低损失，必要时委托律师介入处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。