结论前置：员工没办理离职手续离开公司，依然有权获得已工作期间的工资报酬，但具体能否全额获得及是否需承担其他后果，需结合公司规章制度、劳动合同及相关法律法规综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律基础与工资支付义务
根据《中华人民共和国劳动法》第三条和第五十条的规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，且工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。这意味着，只要员工为公司提供了劳动，无论是否办理离职手续，公司都有义务支付相应的工资报酬。
二、未办理离职手续的具体情况分析
正常离职但未办手续：
- 如果员工因疏忽或特殊原因未办理离职手续，但已经按照公司规定或双方协商提供了正常劳动，公司应当支付全部工资。公司不能以未办理离职手续为由拒绝支付工资。
擅自离职（自离）：
- 即便员工未经批准或未按照公司规定的方式擅自离职，只要其之前已经为公司提供了正常的劳动，理论上就应该获得相应的工资报酬。公司不能单纯以员工“自离”为由拒绝支付其已工作期间的工资。
因员工原因造成损失：
- 如果员工因个人原因（如擅自离职、违反公司规章制度等）未办理离职手续，给公司造成损失的，公司可以要求员工承担相应的赔偿责任。但这并不影响员工获得其应得的工资报酬，公司应当从应付工资中扣除赔偿费用（如有），剩余部分仍应支付给员工。
三、公司规章制度与工资扣除的合法性
- 公司规章制度中可能明确规定了员工离职的相关流程和手续，以及未按规定办理离职手续的处罚措施。然而，这些规章制度必须合法合规，不能违反相关法律法规的规定。如果公司规章制度中的相关条款与法律法规相冲突，应以法律法规为准。
- 公司扣除员工工资的行为必须建立在合法合规的基础上，且扣除的金额和理由必须合理。例如，公司不能因员工未办理离职手续就扣除全部工资，而只能扣除因员工行为给公司造成的实际损失（如有）。
四、员工权益保护与纠纷解决途径
协商与投诉：
- 如果公司拒绝支付工资，员工首先应与公司进行协商，要求其支付工资。若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门会责令公司支付工资。
仲裁与诉讼：
- 员工还可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付工资及可能的经济补偿等。如果仲裁结果仍不满意，员工可以依法向人民法院提起诉讼。
五、实际操作建议
- 保留证据：员工应保留好相关的工作记录、考勤记录、工资条等证据材料，以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
- 及时沟通：建议员工在离职前与公司进行充分沟通，了解离职流程和工资结算方式，确保双方权益得到保障。
- 依法维权：如果公司存在拖欠或拒付工资的行为，员工应依法维权，通过合法途径追讨欠薪。
举例说明：假设员工小李因个人原因未办理离职手续就离开了公司，但他在离职前已经为公司提供了正常的劳动。在这种情况下，小李依然有权获得已工作期间的工资报酬。如果公司拒绝支付工资，小李可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。
总结与提醒：员工没办理离职手续离开公司，依然有权获得工资报酬。但为了避免不必要的纠纷和损失，建议员工在离职前务必与公司协商并按照规定办理好相关手续。同时，公司也应遵守法律法规和公司规章制度，确保员工的合法权益得到保障。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。