针对您提出的“如何处理经清理发现公务员退休三年后未经审批备案到民营企业兼职并领取劳务费”的问题，这是一个涉及公务员退休后从业行为规范及党纪处分的重要议题。以下是我根据相关党内法规、国家法律法规以及实践中的常见情形，为您提供的详细解答：
一、相关法规依据
《中国共产党纪律处分条例》第九十六条：明确规定了党员领导干部离职或者退（离）休后违反有关规定接受原任职务管辖的地区和业务范围内的企业和中介机构的聘任，或者个人从事与原任职务管辖业务相关的营利活动，将视情节轻重给予党纪处分。
《中华人民共和国公务员法》第一百零七条第一款：规定了公务员辞去公职或者退休后，原系领导成员、县处级以上领导职务的公务员在离职三年内，其他公务员在离职两年内，不得到与原工作业务直接相关的企业或者其他营利性组织任职，不得从事与原工作业务直接相关的营利性活动。
其他相关意见和通知：如2008年《关于退出现职、接近或者达到退休年龄的党政领导干部在企业兼职、任职有关问题的意见》、2017年《关于规范公务员辞去公职后从业行为的意见》等，也对公务员退休后的从业行为作出了具体规定。
二、问题定性
根据您描述的情况，公务员退休三年后未经审批备案到民营企业兼职并领取劳务费，这一行为可能涉嫌违反上述法规中的“禁业规定”。具体来说，如果该公务员原任职务管辖的地区或业务范围与兼职的民营企业存在关联，且其兼职行为未经过审批备案，那么这一行为就可能构成违纪。
三、处理建议
立即停止兼职行为：首先，应要求该公务员立即停止在民营企业的兼职行为，并退还已领取的劳务费。
进行内部调查：相关部门应启动内部调查程序，核实该公务员的兼职情况、领取劳务费的具体数额以及是否存在其他违纪行为。
根据情节轻重给予处分：根据调查结果，如果确认该公务员的行为构成违纪，那么应根据《中国共产党纪律处分条例》等相关规定，视情节轻重给予相应的党纪处分，如警告、严重警告等。
加强教育和监管：同时，相关部门还应加强对公务员退休后从业行为的教育和监管，防止类似问题再次发生。可以通过开展专题培训、签订承诺书等方式，提高公务员的纪律意识和法律意识。
四、注意事项
区分合理合规取酬与违纪违法取酬：在处理此类问题时，应准确区分合理合规的取酬行为与违纪违法的取酬行为。如果公务员退休后的兼职行为符合相关规定，且未利用原职务或职权影响谋取不正当利益，那么这一行为就不应被认定为违纪违法。
保护公务员的合法权益：在处理过程中，也应充分保护公务员的合法权益，确保处理程序的公正性和合法性。如果公务员对处理结果有异议，应允许其提出申诉或复核。
综上所述，对于公务员退休三年后未经审批备案到民营企业兼职并领取劳务费的问题，应依据相关法规进行定性处理，并加强教育和监管以防止类似问题再次发生。希望以上解答能对您有所帮助。