政府工程进度款约定支付50%是可以的，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同自由原则角度
   根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护，对当事人具有法律约束力。若政府与承包方在平等、自愿基础上协商一致，将工程进度款支付比例约定为50%，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该条款合法有效，双方应按约定履行。例如，在合同中明确约定“按工程进度完成50%时，发包方支付已完成工程量对应价款的50%”，此类条款通常会被认定为有效。

2. 财政资金管理角度
   政府工程涉及公共财政资金，需遵守《预算法》《政府采购法》及财政部门关于工程款支付的管理规定。若地方财政部门或行业主管部门对工程进度款支付比例有明确要求（如“不得低于已完成工程量的60%”），则约定50%可能因违反强制性规定而无效。此时需以财政规范性文件为准，调整合同条款。

3. 工程款支付保障角度
   从保障承包方权益出发，若约定50%支付比例可能导致承包方资金周转困难（如材料款、人工费无法及时支付），可能引发工程停工或质量纠纷。根据《保障农民工工资支付条例》，承包方需优先保障农民工工资，若进度款不足可能导致违法风险。因此，即使合同约定50%，实践中也可能通过补充协议或财政专项拨款等方式调整支付比例。

4. 审计与结算角度
   政府工程通常需经过审计结算，若进度款支付比例过高（如超过最终审计价的80%），可能增加财政风险。但约定50%通常处于合理范围，需注意在合同中明确“进度款支付以审计结果为准”或“最终结算时多退少补”，避免因支付比例与审计结果差异产生争议。

建议：

• 签订合同前，核查地方财政部门对工程款支付比例的具体要求；
  
• 在合同中明确支付条件（如工程量确认方式、支付时间节点）、调整机制（如因财政拨款延迟可协商延期支付）及违约责任；
  
• 保留进度款支付申请、工程量确认单等证据，以备后续争议解决。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体条款设计或风险防范措施。