结论前置：施工合同中约定债权不得转让，并不影响当事人申请仲裁的权利，但仲裁裁决能否得到执行或债权转让的效力问题，需结合具体合同条款、法律规定及案件事实来综合判断。
一、关于仲裁申请的权利
仲裁协议的有效性：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这意味着，只要施工合同中的仲裁条款是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，该仲裁条款就是有效的。
- 债权不得转让的约定，并不直接影响仲裁协议的有效性。仲裁协议是双方就争议解决方式达成的合意，与债权是否可以转让是两个独立的法律问题。
申请仲裁的权利：
- 既然仲裁协议有效，那么任何一方当事人都有权依据该协议向约定的仲裁机构申请仲裁，以解决施工合同履行过程中产生的争议。
二、关于债权转让的效力与仲裁裁决的执行
债权转让的约定：
- 施工合同中约定债权不得转让，这是双方对债权处分权的一种限制。这种约定在合同双方之间是有效的，对第三方原则上不产生约束力（除非第三方明知该约定）。
- 如果一方违反约定擅自转让债权，另一方可以依据合同约定或法律规定主张转让无效，并可能要求违约方承担违约责任。
仲裁裁决的执行：
- 仲裁裁决作出后，如果一方不履行裁决，另一方可以向人民法院申请强制执行。此时，人民法院会审查裁决的合法性、有效性以及执行的可能性。
- 如果仲裁裁决涉及的是不得转让的债权，且该债权确实未发生合法转让，那么执行过程中可能会遇到一些障碍，比如需要确认债权的归属、是否存在有效的转让行为等。但这并不意味着仲裁裁决本身无效或无法执行，而是需要在执行过程中对相关事实进行进一步查明和认定。
三、综合建议
审查合同条款：
- 仔细审查施工合同中的仲裁条款和债权转让限制条款，确保它们都是合法有效的，并且没有相互矛盾或模糊不清的地方。
咨询专业意见：
- 在申请仲裁或处理债权转让问题时，建议咨询专业律师的意见，以便更准确地理解法律规定和合同条款的含义，以及它们对案件的具体影响。
准备充分证据：
- 无论是申请仲裁还是处理执行问题，都需要准备充分的证据来支持自己的主张。这包括合同文本、往来函件、付款记录、验收报告等与案件相关的所有文件和资料。
考虑实际执行情况：
- 在申请仲裁时，除了考虑裁决的合法性外，还需要考虑裁决的实际执行情况。如果债权确实不得转让且未发生合法转让，那么在执行过程中可能会遇到一些困难，需要提前做好应对准备。
有问题可以直接向我咨询，我会结合你合同的具体情况，为你提供更详细的法律分析和建议。