结论：员工休病假期间扣除保险是否合法需分情况讨论，主要取决于病假工资支付标准、劳动合同约定及地方性法规的具体规定。以下从不同角度展开分析：

1. 从劳动合同与集体合同的角度

根据《劳动合同法》第十七条，劳动合同应当明确约定社会保险条款，但未直接规定病假期间保险费用的承担方式。若劳动合同或集体合同中明确约定“病假期间由员工自行承担社会保险费用”，则该约定可能因违反《劳动合同法》第二十六条的强制性规定（如“用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利”）而被认定无效。
关键点：若合同未明确约定，或约定显失公平，用人单位不得单方面扣除员工保险费用。

2. 从病假工资支付标准的角度

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第五条，病假工资不得低于当地最低工资标准的80%。若用人单位支付的病假工资已包含社会保险个人承担部分，则可能间接导致员工实际到手工资减少，但此情形不构成“扣除保险”，而是工资支付方式的调整。
例外情形：若用人单位未支付病假工资，却要求员工承担全部社会保险费用（包括单位应缴部分），则明显违法，员工可依据《劳动争议调解仲裁法》申请仲裁。

3. 从地方性法规的角度

部分地区对病假期间保险费用承担有特殊规定。例如：

• 北京：根据《北京市工资支付规定》第二十一条，用人单位应按不低于最低工资标准的80%支付病假工资，且社会保险费用仍由用人单位和员工按比例缴纳，不得转嫁至员工；
  
• 上海：根据《上海市企业工资支付办法》第十一条，病假工资计算基数包含员工个人缴纳的社会保险费，但用人单位仍需承担单位应缴部分。
  建议：需结合员工所在地具体法规判断。

4. 从社会保险法的角度

根据《社会保险法》第六十条，用人单位必须自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。员工个人承担部分由用人单位代扣代缴，但代扣的前提是用人单位已支付工资。若用人单位未支付病假工资，则无权代扣保险费用。
法律后果：用人单位若违规扣除保险费用，可能面临劳动行政部门责令改正、补缴社会保险费及滞纳金，甚至被处以罚款（《社会保险法》第八十六条）。

实务建议

1. 员工：
   
   • 核查劳动合同及单位规章制度中关于病假工资和保险费用的约定；
     
   • 保留病假证明、工资条、社保缴费记录等证据；
     
   • 若单位违规扣除，可先协商，协商不成可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
     
2. 用人单位：
   
   • 制定合法合规的病假管理制度，明确工资支付标准；
     
   • 避免将单位应缴的社会保险费用转嫁至员工；
     
   • 定期自查社保缴费情况，防范法律风险。

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