虚开增值税发票的案件主要由税务部门和公安部门共同管辖，具体分工如下：

1. 税务部门
   税务机关（如国家税务总局及其下属机构）是虚开增值税发票行为的主要行政监管部门，负责日常税务稽查、发票管理以及行政处罚。其职责包括：

   • 对涉嫌虚开发票的企业或个人进行税务检查，调取账簿、发票等证据；
     
   • 根据《税收征收管理法》及《发票管理办法》作出行政处罚（如罚款、没收违法所得、停止供应发票等）；
     
   • 将涉嫌犯罪的案件移送公安机关立案侦查。

2. 公安部门
   公安机关（如经侦部门）负责刑事案件的侦查、起诉和审判阶段的配合工作。其职责包括：

   • 对税务机关移送的或自行发现的虚开发票案件立案侦查；
     
   • 采取强制措施（如拘留、逮捕）并收集犯罪证据；
     
   • 将案件移送检察机关审查起诉，最终由法院定罪量刑。
     依据：《刑法》第二百零五条明确规定，虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，构成犯罪，由公安机关管辖。

3. 其他协同部门

   • 检察机关：负责审查逮捕、起诉，监督侦查活动合法性；
     
   • 法院：负责审判，对虚开发票行为定罪量刑；
     
   • 海关：若虚开发票涉及进出口环节（如骗取出口退税），海关可能参与联合调查。

关键点总结：

• 税务部门处理行政违法，公安部门处理刑事犯罪，两者通过“行刑衔接”机制协作；
  
• 实践中，税务机关通常先介入调查，发现犯罪线索后移送公安；
  
• 企业或个人若被认定虚开发票，可能同时面临行政处罚和刑事责任。
  

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