虚开增值税专用发票的管辖问题，主要依据《刑事诉讼法》以及相关司法解释和公安机关办理刑事案件的程序规定来确定。以下是关于虚开增值税专用发票管辖的详细解答：

一、管辖原则

1. 基本管辖原则：

   • 根据《刑事诉讼法》第十九条，刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。因此，虚开增值税专用发票罪案件的立案侦查主要由公安机关负责。

2. 犯罪地管辖原则：

   • 根据《公安机关办理刑事案件程序规定》，刑事案件由犯罪地的公安机关管辖。犯罪地包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。

3. 居住地管辖原则：

   • 如果由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜，可以由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖。居住地包括户籍所在地以及居住满一定时间且固定的地方。

二、具体管辖划分

1. 单个虚开行为的管辖：

   • 在只有单个虚开行为的案件中，一般以涉案企业进行税务登记的税务登记机关所在地的县级以上公安机关管辖。例如，为他人虚开案件中，由开票企业税务登记机关所在地县级以上公安机关管辖；在为自己虚开、让他人为自己虚开案件中，由受票企业税务登记机关所在地县级以上公安机关管辖。

2. 多个虚开行为的管辖：

   • 在存在多个虚开行为的案件中，如果几个公安机关都有权管辖，由最初受理虚开案件的公安机关管辖。必要时，可以由票源集中地或者虚开行为集中企业的税务登记机关所在地县级以上公安机关管辖。

3. 自然人涉嫌虚开的管辖：

   • 对于自然人涉嫌虚开增值税专用发票的案件，由虚开地县级以上公安机关管辖。如果几个公安机关都有权管辖，由最初受理的公安机关管辖；必要时，也可以由主要犯罪地县级以上公安机关管辖。

三、特殊规定与协商机制

• 特殊规定：特定情况下，法律条款、司法解释以及其他具有规范效力的文件可能对管辖范围做出特殊规定，此时应以具体规定为准则。

• 协商机制：对管辖不明确或者有争议的刑事案件，可以由有关公安机关协商。协商不成的，由共同的上级公安机关指定管辖。

综上所述，虚开增值税专用发票的管辖问题涉及多个方面，需要根据具体情况进行划分和确定。在实际操作中，应严格遵循相关法律法规和程序规定，确保案件的公正、合法处理。