您好，关于两人入住酒店却只登记一人身份证的后果，这确实是一个需要重视的问题。

首先，从酒店管理的角度来看，酒店要求每位入住的客人都必须进行身份证登记，这是为了保障酒店的安全管理以及遵守相关法律法规。如果酒店发现未按照要求进行登记，酒店方面可能会面临相应的处罚，比如罚款等。

对于您提到的两人入住只登记一人的情况，如果被警察在检查时发现，后果主要取决于具体情境和当地法律法规的执行力度。一般来说，如果两人是情侣关系，且积极配合警察工作，出示身份证并解释关系，通常不会对个人产生严重后果，但酒店方面仍可能会受到处罚。

然而，如果涉及特殊关系，比如非夫妻的异性且存在不正当关系，或者涉及金钱交易等违法行为，那么情况就会严重得多。在这种情况下，不仅酒店会受到处罚，个人也可能面临被带到警察局接受进一步调查、拘留甚至罚款等处罚。

此外，我还想提醒您，在疫情防控等特殊时期，如实登记旅客信息尤为重要。这不仅是遵守法律法规的要求，也是保障公共卫生安全的重要措施。如果酒店未如实登记旅客信息，还可能面临更严重的法律后果。

因此，我建议您在入住酒店时，务必按照酒店的要求进行身份证登记，并积极配合警察的检查工作。这样不仅可以避免不必要的麻烦和法律风险，也是对自己和他人安全负责的表现。希望这个解答能对您有所帮助。