结论：劳务公司进厂后，发工资时是否会扣中介费，主要取决于您与劳务公司（中介）以及工厂之间签订的合同类型和具体条款。以下是几种可能的情况分析：

1. 与工厂直接签订劳动合同，中介仅介绍工作

   • 工资发放：在这种情况下，您直接与工厂建立劳动关系，工资由工厂负责发放。中介仅起到介绍工作的作用，不参与工资的发放过程。
   • 中介费：中介可能会向您或工厂收取一定的中介费用，但这通常是在您入职前或入职时一次性支付的，而不是从您的工资中扣除。

2. 与劳务公司签订劳务派遣合同，被派遣到工厂工作

   • 工资发放：根据《中华人民共和国劳动合同法》关于劳务派遣的规定，劳务派遣单位（即劳务公司）是法律上的用人单位，负责按月支付您的劳动报酬。劳务公司会先从工厂收取包括您工资在内的劳务费用，然后扣除自身管理费用后，再将剩余部分作为工资发放给您。
   • 中介费（管理费）：在这种情况下，劳务公司扣除的费用通常被称为管理费，而非中介费。这部分费用是劳务公司为您提供劳务派遣服务所收取的，其具体数额和扣除方式应在劳务派遣合同中明确约定。
   • 合法性：劳务公司扣除管理费的行为本身并不违法，但必须确保扣除的费用合理且符合合同约定。如果劳务公司未经您同意擅自扣除费用，或者扣除的费用过高，您有权提出异议并寻求法律援助。

3. 特殊情况：合同中明确约定工资中扣除中介费

   • 合法性审查：如果合同中明确约定了从您的工资中扣除中介费，那么这种行为在合同层面上是合法的。但是，您需要仔细审查合同条款，确保扣除的费用合理且符合法律法规的规定。
   • 维权途径：如果您认为合同中的扣除条款不合法或不合理，您可以与劳务公司进行协商，要求修改合同条款。如果协商不成，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

法律建议：

• 在签订任何合同前，请务必仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付、费用扣除等方面的约定。
• 保留好与工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等，以便在需要时提供证明。
• 如果您对合同条款有疑问或认为自己的权益受到侵害，请及时向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和帮助。

可能后果：

• 如果劳务公司未经您同意擅自扣除费用或扣除的费用过高，您可能会面临工资减少、经济压力增大等后果。
• 在极端情况下，如果劳务公司的行为构成违法或犯罪，您可能需要通过法律途径来维护自己的权益，这可能会耗费您一定的时间和精力。因此，提前了解并防范风险至关重要。