结论：通过中介进厂工作，工资是否会被扣钱取决于与谁建立了劳动关系以及具体的合同约定。一般来说，如果与工厂直接签订劳动合同，工资由工厂发放且不应被无故扣减；如果与中介签订劳务派遣合同，工资由中介发放，但中介应确保足额支付，不应无故扣减。
详细分析：
与工厂建立劳动关系的情况：
- 合同签订：若劳动者直接与工厂签订劳动合同，中介仅作为介绍工作的角色，不参与劳动关系的建立。
- 工资发放：根据《中华人民共和国劳动合同法》，工厂作为用人单位，有义务按时足额支付劳动报酬。工资支付应遵循劳动合同中的约定，包括支付周期、支付方式等，且不应被无故扣减。
- 中介角色：在此情况下，中介不参与工资的发放，其可能收取的是中介费用，但这与劳动者的工资无关。
与中介建立劳务派遣关系的情况：
- 合同签订：若劳动者与中介机构签订劳务派遣合同，并被派遣到工厂工作，则中介机构成为法律上的用人单位。
- 工资发放：根据劳务派遣的相关规定，中介机构负责按月支付劳动者的劳动报酬。中介机构会从工厂收取包括劳动者工资在内的劳务费用，扣除自身管理费用后，应将剩余部分足额发放给劳动者。理论上，中介不应无故扣减劳动者的工资，但实际操作中需关注合同条款及中介的信誉。
- 中介责任：中介机构在此情况下不仅承担介绍工作的职责，还负责工资的发放和管理，因此应确保工资的及时性和足额性。
法律建议与风险提示：
- 仔细阅读合同条款：在签订任何合同前，务必仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付、扣减条件等方面的约定。确保自己的权益得到明确保障。
- 保留相关证据：妥善保留与工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录、劳动合同等。这些证据在维权时将起到关键作用。
- 及时维权：如遇工资拖欠或不足额支付的情况，首先应与责任主体（工厂或中介）进行协商。协商不成时，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 警惕非法中介：在选择中介时，要警惕非法中介或存在欺诈行为的中介。可以通过查询中介的资质、信誉等方面来降低风险。
特殊情况说明：
- 如果中介在合同中明确约定了某些扣减工资的条件（如迟到、早退、旷工等），且这些条件符合法律法规的规定，那么中介在劳动者违反这些条件时扣减工资可能是合法的。但即便如此，扣减的金额也应合理，且应事先告知劳动者。
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