结论：法院将未签字的微信三年定期租赁合同且已按约定交房租的情况判为不定期合同，在符合法律规定情形下是合法的。以下从不同角度进行分析：

从合同形式要件角度

根据《中华人民共和国民法典》相关规定，当事人订立合同，可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。书面形式是合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。以电子数据交换、电子邮件等方式能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，视为书面形式。微信聊天记录属于电子数据，在一定条件下可以作为书面合同的一种形式。

然而，如果合同明确约定必须签字才生效，而双方并未签字，从严格意义上来说，合同可能尚未满足生效的形式要件。但在司法实践中，如果双方已经按照合同约定实际履行了主要义务，比如承租人已经按约定交了房租，出租人也交付了房屋供承租人使用，此时法院可能会根据实际情况认定合同成立并生效。不过，由于没有签字这一形式瑕疵，法院结合租赁期限的约定等情况，将其认定为不定期合同也是有一定合理性的。因为不定期合同更符合双方实际履行过程中表现出的对租赁期限约定不明确的特征。

从租赁期限约定角度

《中华人民共和国民法典》规定，租赁期限六个月以上的，应当采用书面形式。当事人未采用书面形式，无法确定租赁期限的，视为不定期租赁。在您描述的情况中，虽然通过微信约定了三年租赁期限，但因为没有签字这一形式上的确认，当双方对合同效力产生争议时，法院可能难以直接认定该三年期限的约定具有绝对的法律效力。

从保护双方当事人权益、维护交易稳定的角度出发，法院将该租赁合同视为不定期合同，这样双方都可以在合理期限内随时解除合同，避免了因合同期限约定不明确或形式瑕疵可能导致的一方长期受合同约束而另一方却能随意解除的不公平局面。例如，如果认定为三年定期合同，出租人在合同履行过程中可能因各种原因需要收回房屋，但由于合同期限未到，可能会面临违约责任；而承租人也可能因为长期租赁的预期进行了大量投入，若出租人突然违约，承租人也会遭受损失。认定为不定期合同则在一定程度上平衡了双方的利益。

从实际履行情况角度

虽然合同未签字，但双方已经按照合同约定实际履行了交房租和提供房屋使用的义务。这表明双方有达成租赁合意的真实意思表示。但实际履行情况并不能完全弥补合同形式上的瑕疵。法院在判决时会综合考虑各种因素，包括合同的形式、租赁期限的约定以及实际履行情况等。

在实际履行过程中，如果双方对租赁期限没有进一步的明确确认，法院将合同认定为不定期合同，也是为了促使双方在今后的交易中更加注重合同的形式和内容的完整性，避免类似的纠纷再次发生。

建议：如果您对法院的判决结果有异议，可以在法定期限内提起上诉。在今后的租赁活动中，建议您一定要签订书面合同，并确保双方签字或盖章，明确租赁期限、租金、违约责任等重要条款，以保障自己的合法权益。如果您还有其他关于房产租赁合同纠纷的问题，可以直接向我咨询。