商铺租赁合同是否违规，需根据具体情况及合同条款来判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：
一、合同内容合法性
合同条款明确且合法：
- 若商铺租赁合同中的条款明确、具体，且不违反法律法规的强制性规定，如不得转租给特定对象、不得改变房屋用途等，则该合同通常被认为是合法的。
- 合同应基于双方真实意愿签订，遵循平等、公平原则，确保双方权利义务对等。
合同存在违法条款：
- 如果合同中包含违法条款，如约定非法转租、改变房屋结构或用途等，则这些条款无效，且可能影响整个合同的合法性。
- 例如，若合同约定承租人可以擅自改变商铺结构，这违反了《建设工程质量管理条例》等相关规定，该条款无效。
二、商铺本身合法性
合法建设的商铺：
- 若商铺已取得建设工程规划许可证或经主管部门批准建设，且按照规划许可证的规定进行建设，则该商铺是合法的，基于其签订的租赁合同通常也是有效的。
违章搭建的商铺：
- 根据《最高人民法院关于审理城镇房屋租赁合同纠纷案件具体应用法律若干问题的解释》第二条，出租人就未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定建设的房屋，与承租人订立的租赁合同无效。
- 但如果在一审法庭辩论终结前，违章搭建的商铺取得了建设工程规划许可证或经主管部门批准建设，那么原本可能无效的租赁合同将被认定为有效。
三、特殊租赁模式合法性
售后包租模式：
- 售后包租本身并非绝对违法，但需遵守相关法律法规。根据《商品房销售管理办法》第十一条，房地产开发企业不得采取售后包租或者变相售后包租的方式销售未竣工商品房。
- 若售后包租行为涉及非法集资、欺诈或虚假承诺等违法行为，则可能受到法律制裁。
其他特殊模式：
- 对于其他特殊租赁模式，如分成租赁、保底租金加分成等，只要合同条款明确、合法，且双方自愿签订，通常也是有效的。
四、法律建议
仔细审查合同：
- 在签订商铺租赁合同前，务必仔细阅读并理解合同条款，特别是关于租金支付、违约责任、争议解决等方面的内容。
- 确保合同条款明确、合法，且符合双方真实意愿。
了解商铺合法性：
- 在签订合同前，应了解商铺的建设情况，包括是否取得建设工程规划许可证、是否按照规划许可证的规定进行建设等。
- 避免租赁违章搭建的商铺，以降低法律风险。
咨询专业人士：
- 如有必要，可咨询律师或房地产专业人士的意见，以了解相关法律法规及政策规定，确保自身行为合法合规。
及时维权：
- 若在租赁过程中发现合同存在违法条款或商铺存在违法情况，应及时与出租方协商解决或寻求法律途径维权。
综上所述，商铺租赁合同的合法性取决于合同条款、商铺本身合法性以及特殊租赁模式的合法性等多个因素。在签订合同前，务必进行充分审查和了解，以确保自身权益不受损害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。