双方约定由某某仲裁部门调解，调解不成再起诉的约定，在一般情况下是部分有效的，但具体效力需分情况讨论：
仲裁调解部分的效力：
- 双方约定由某某仲裁部门进行调解，这一部分约定是有效的。仲裁调解作为一种争议解决方式，具有自愿性、灵活性和高效性等特点。如果双方能够就争议事项达成调解协议，该协议对双方均具有约束力，且可以依法申请法院进行司法确认，赋予其强制执行力。
调解不成再起诉部分的效力：
- 若仲裁协议或调解协议中未明确排除诉讼权利：在这种情况下，如果仲裁部门调解不成，双方仍然有权向法院提起诉讼。因为诉讼是公民、法人或其他组织依法维护自身权益的一种基本权利，除非双方明确约定排除诉讼权利，否则该权利不受影响。
- 若仲裁协议或调解协议中明确排除了诉讼权利，但存在无效情形：根据《仲裁法》及相关司法解释的规定，如果仲裁协议或调解协议中明确排除了诉讼权利，但该协议存在无效情形（如一方采取欺诈、胁迫等手段迫使对方订立仲裁协议，或者仲裁协议对仲裁事项或仲裁委员会没有约定或者约定不明确且双方达不成补充协议等），则该仲裁协议无效，双方仍然有权向法院提起诉讼。
- 若仲裁协议或调解协议中明确排除了诉讼权利，且不存在无效情形：在这种情况下，如果仲裁部门调解不成，双方应当按照仲裁协议或调解协议的约定，通过仲裁方式解决争议，而不得再向法院提起诉讼。因为仲裁协议或调解协议是双方自愿订立的，具有法律约束力，双方应当遵守。
法律建议：
- 在订立仲裁协议或调解协议时，双方应当明确约定争议解决方式，包括调解、仲裁或诉讼等，并明确约定各种方式之间的衔接和转换机制，以避免因约定不明而产生争议。
- 如果双方希望先通过调解方式解决争议，调解不成再通过诉讼方式解决，建议在协议中明确约定“双方同意先由某某仲裁部门进行调解，调解不成的，任何一方均有权向有管辖权的人民法院提起诉讼”。
- 在签订仲裁协议或调解协议前，双方应当充分了解仲裁和诉讼的区别和特点，以及各自的权利和义务，以便在争议发生时能够做出明智的选择。
可能后果：
- 如果双方约定的仲裁协议或调解协议部分有效部分无效，或者存在其他争议，可能会导致争议解决过程变得复杂和漫长，增加双方的成本和风险。
- 如果双方违反仲裁协议或调解协议的约定，擅自向法院提起诉讼或拒绝履行调解协议等，可能会面临法律制裁和信誉损失等后果。
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