针对员工未报备假期后自离的情况，公司可以采取以下措施来处理：

首先，公司应依据内部规章制度，对员工的自离行为进行行政处分。由于员工未按照规定报备并擅自离职，这通常可以被视为旷工行为。公司可以根据规章制度，对员工进行相应的纪律处分，如警告、记过等，以维护公司的正常运营秩序。

其次，公司有权根据内部规章制度，以员工严重违反规章制度为由，行使单方解除劳动合同的权利。在解除劳动合同前，公司应确保已经充分调查并确认了员工的自离行为，并且这一行为确实违反了公司的规章制度。同时，公司应当按照法定程序，将解除劳动合同的通知送达员工本人或其合法代理人，确保程序的合法性和有效性。

此外，如果员工的自离行为给公司造成了损失，公司有权要求员工承担赔偿责任。这包括但不限于公司招收录用员工所支付的费用、为员工支付的培训费用、以及因员工自离导致的生产、经营和工作上的直接经济损失等。公司应收集相关证据，以证明损失的存在和员工自离行为与损失之间的因果关系，从而依法向员工追偿。

最后，如果员工在离职前违反了保密义务、竞业限制或签订了专项培训协议并约定了服务期，公司还有权要求员工支付违约金。这需要根据具体的协议内容和相关法律法规进行判断和处理。

在处理员工自离问题时，公司应注重程序的合法性和证据的充分性。同时，公司也应加强内部管理，完善规章制度，明确员工的请假和离职流程，以减少类似情况的发生。如果公司对处理员工自离问题存在疑问或需要进一步的法律指导，建议咨询专业的法律机构或律师。