结论概述：原施工方在已签证资金代管协议但未收到款项的情况下，是否仍拥有施工经营权，需根据协议具体内容、双方实际履行情况以及相关法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 协议内容与性质：

   • 资金代管协议：首先需明确该协议的具体内容，特别是关于资金代管的目的、期限、双方权利义务以及违约责任等条款。若协议中明确约定了资金代管与施工经营权的关联，即资金未到位将影响施工经营权的行使，则原施工方在未收到款项时，其施工经营权可能受到限制或丧失。
   • 协议性质：若资金代管协议被视为施工合同的一部分或补充协议，且其中明确规定了施工经营权的授予与资金支付挂钩，则资金未支付可能构成对施工经营权行使的障碍。

2. 双方实际履行情况：

   • 资金支付情况：原施工方未收到款项，需核实是否因对方违约或存在其他合法理由（如不可抗力、合同变更等）导致。若对方无正当理由未支付，原施工方有权依据协议或法律规定要求对方支付，并可能因此主张继续行使施工经营权。
   • 施工经营权行使情况：需考察原施工方在未收到款项期间是否仍在行使施工经营权，以及对方是否对此提出异议。若原施工方仍在施工且对方未提出异议，可能视为双方以实际行动变更了协议中关于资金支付与施工经营权行使的约定。

3. 相关法律规定：

   • 合同法规定：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同履行的规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。若对方未按照协议约定支付资金，原施工方有权要求对方承担违约责任，并可能因此主张继续履行合同或解除合同。
   • 施工经营权保护：施工经营权作为原施工方的一项重要权利，受法律保护。若因对方违约导致原施工方无法行使施工经营权，原施工方有权依法维护自己的权益，包括要求对方赔偿损失等。

4. 可能的情况与建议：

   • 情况一：若协议中明确约定资金未到位将影响施工经营权的行使，且对方无正当理由未支付款项，原施工方应首先与对方协商解决，要求对方支付款项并恢复施工经营权。若协商无果，可依法向法院提起诉讼或申请仲裁。
   • 情况二：若协议中未明确约定资金支付与施工经营权行使的关联，或双方已以实际行动变更了协议约定，原施工方应收集相关证据（如施工记录、对方认可等），证明自己仍在行使施工经营权，并依法维护自己的权益。
   • 建议：无论何种情况，原施工方都应保留好与资金代管协议、施工经营权行使相关的所有证据，以便在需要时证明自己的权益。同时，建议原施工方在未收到款项时及时与对方沟通，了解对方未支付的原因，并寻求合法途径解决问题。

进一步思考：在处理此类纠纷时，除了关注协议内容和双方实际履行情况外，还需考虑行业惯例、交易习惯以及公平原则等因素。若原施工方在未收到款项期间仍投入了大量人力、物力进行施工，且对方未提出异议或接受了施工成果，可能构成对原施工方施工经营权行使的默认或认可。因此，在具体案件中，需综合考量各种因素，以作出公正、合理的判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。