结论：有案底是否会在公司入职时被查出来，取决于公司背景调查的严格程度、所查询的信息渠道以及案底的性质和记录情况。以下分情况详细说明：
公司进行常规背景调查
- 可能查出的情形：如果公司进行较为严格的背景调查，包括但不限于要求应聘者提供无犯罪记录证明、联系前雇主核实工作表现、通过公开渠道或专业背景调查机构查询相关信息等，那么有案底的情况有可能被查出。特别是对于一些涉及金融、安全、教育等敏感行业，或者对应聘者诚信要求较高的岗位，公司更可能会进行深入的背景调查。
- 难以查出的情形：如果公司仅进行简单的背景调查，如仅核实应聘者的学历、工作经历等基本信息，而未涉及犯罪记录查询，那么有案底的情况可能不会被轻易查出。
案底性质和记录情况
- 刑事案底：刑事案底通常会被记录在公安机关的犯罪记录系统中，且难以消除。如果公司通过合法途径（如要求应聘者提供无犯罪记录证明）进行查询，那么刑事案底很可能被查出。
- 行政处罚记录：行政处罚记录（如交通违章、治安处罚等）通常不会被视为“案底”，但也可能在某些特定情况下被公司查询到，特别是当这些处罚与应聘岗位直接相关时（如应聘驾驶员岗位却有多起交通违章记录）。
- 已封存或消除的记录：对于某些特定情况下的犯罪记录，如未成年人犯罪、犯罪情节轻微且已过追诉时效等，可能符合封存或消除的条件。这些记录在封存或消除后，通常不会被普通背景调查所查出。
信息查询渠道
- 公安机关：公司可以通过合法途径向公安机关申请查询应聘者的犯罪记录，但通常需要应聘者的同意或符合特定条件（如应聘特定岗位）。
- 专业背景调查机构：一些公司会委托专业的背景调查机构对应聘者进行全面调查，这些机构可能拥有更广泛的信息查询渠道和更专业的调查手段。
- 公开渠道：通过互联网、社交媒体等公开渠道，公司也可能获取到应聘者的某些信息，但这些信息通常较为零散且不一定准确。
建议：
- 如果你有案底且担心影响入职，可以主动向公司说明情况（如果公司明确要求提供无犯罪记录证明或进行背景调查），并解释案底的性质、经过和现状，以展现你的诚信和改过自新的态度。
- 如果公司未明确要求提供无犯罪记录证明或进行背景调查，你可以在入职前了解公司的相关政策和规定，以评估有案底是否可能成为入职的障碍。
- 无论如何，都应遵守法律法规和公司的规定，不要试图隐瞒或伪造信息，以免给自己带来不必要的麻烦和法律风险。