结论：
在涉嫌违法且处于调查期间，用人单位采取“停职留薪”的操作是否合理，需结合具体情形、法律规定及用人单位规章制度综合判断，不能一概而论。以下分情况说明：

1. “停职留薪”的合法性基础

根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位对涉嫌违法或严重违反规章制度的员工，可采取临时性调查措施，但需满足以下条件：

• 制度依据：用人单位需在内部规章制度（如《员工手册》）中明确规定“停职调查”的情形、程序及待遇标准，且该制度需经民主程序制定并公示（如职工代表大会讨论、员工签字确认等）。
  
• 必要性：停职调查需基于合理怀疑，且员工涉嫌的行为可能对用人单位利益造成重大损害（如贪污、职务侵占、泄露商业秘密等）。
  
• 程序合规：停职决定应书面通知员工，并告知其申诉权利；调查期间应限定合理期限（一般不超过30日，特殊情况可延长但需说明理由）。
  

若满足上述条件，“停职留薪”操作具有合法性；反之，若用人单位无制度依据或程序违法，员工可主张恢复职务或要求赔偿。

2. “停职留薪”的合理性边界

即使合法，用人单位仍需注意以下合理性问题：

• 待遇标准：
  
  • “停职留薪”通常指保留基本工资（如当地最低工资标准），但需明确约定在规章制度中。若用人单位擅自降低工资或停发全部薪酬，可能构成克扣工资，员工可依据《劳动合同法》第38条主张被迫解除劳动合同并要求经济补偿。
    
  • 若调查结果证明员工无过错，用人单位应补发停职期间的工资差额。
    
• 调查期限：
  
  • 调查应高效进行，避免以“调查”为名变相延长停职期限。若长期停职且无实质进展，可能被认定为变相解雇，用人单位需承担违法解除的法律责任。
    
• 名誉保护：
  
  • 停职决定及调查过程应严格保密，避免泄露员工个人信息或不当扩散涉嫌违法的信息，否则可能侵犯员工名誉权，需承担民事赔偿责任。

3. 员工应对建议

若您作为员工面临此类情况，可采取以下措施：

• 核查制度：要求用人单位出示内部规章制度中关于“停职调查”的条款，确认其合法性及程序合规性。
  
• 书面沟通：通过邮件或书面函件要求用人单位明确停职理由、期限及待遇标准，并保留证据。
  
• 申诉维权：若认为停职决定违法或不合理，可向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁主张恢复职务、补发工资及赔偿。
  

总结：停职留薪的合理性需以合法制度、必要程序及合理待遇为前提。若用人单位操作规范，则属于合法管理行为；若存在程序瑕疵或待遇克扣，员工可通过法律途径维权。具体案件需结合证据进一步分析，如有疑问可进一步向我咨询。