核心结论：若停薪留职期间被除名且查证该除名行为违法，您可通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径维权。以下为具体分析：

核心前提

您处于停薪留职状态，且用人单位以不合法理由将您除名，您已查证该除名行为违法（如无合法依据、未履行法定程序等）。

具体维权途径

1. 与用人单位协商
   首先可尝试与用人单位沟通，明确指出除名行为违法（如引用《劳动合同法》第三十九条关于用人单位解除劳动合同的法定情形），要求恢复劳动关系或支付违法解除赔偿金（标准为经济补偿金的2倍，即工作每满1年支付2个月工资）。
   优势：成本低、效率高，适合矛盾不尖锐的情况。
   注意：保留书面协商记录（如邮件、录音），避免口头协商无证据。

2. 向劳动监察部门投诉
   若协商无果，可向用人单位所在地的劳动监察大队投诉（可通过当地人社局官网查询联系方式）。投诉时需提交：

   • 劳动关系证明（如劳动合同、工资条）；
     
   • 除名通知或相关证据；
     
   • 查证除名违法的依据（如单位规章制度未公示、除名未通知工会等）。
     优势：监察部门可责令单位改正，适合单位明显违法的情况。
     时限：一般自违法行为终止之日起2年内提出。

3. 申请劳动仲裁
   若投诉未解决，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁（需提交仲裁申请书、证据材料）。仲裁请求可包括：

   • 确认除名行为违法；
     
   • 支付违法解除赔偿金；
     
   • 补发停薪留职期间工资（如适用）；
     
   • 补缴社保（如因除名导致中断）。
     优势：仲裁裁决具有法律效力，单位不履行可申请法院强制执行。
     时限：自知道或应当知道权利被侵害之日起1年内提出。

4. 提起诉讼
   若对仲裁裁决不服，可在收到裁决书之日起15日内向法院提起诉讼。诉讼中需重点证明：

   • 除名行为无合法依据（如未满足《劳动合同法》第四十条、第四十一条的解除条件）；
     
   • 单位未履行法定程序（如未提前30日通知、未听取工会意见）。
     优势：法院判决效力更强，适合争议复杂的情况。

关键证据清单

• 劳动关系证明：劳动合同、工作证、考勤记录；
  
• 除名证据：除名通知、解除劳动合同证明；
  
• 违法性证据：单位规章制度、工会意见（如未征求）、同类案件判例；
  
• 损失证明：工资流水、社保缴纳记录。

风险提示

• 若停薪留职协议中约定了“除名条件”，需先审查该条款是否合法（如是否显失公平、是否违反强制性规定）；
  
• 维权需注意时效，避免超过仲裁/诉讼时效导致权利丧失；
  
• 过程中避免采取过激行为（如扰乱单位秩序），否则可能承担法律责任。

如有进一步疑问或需协助整理证据材料，可直接向我提问，我会结合具体案情为您详细分析。