当行政协议被确认无效后，若您因此遭受了损失并希望申请行政赔偿，可以遵循以下步骤和法律依据来进行：

一、确认行政协议无效的法律依据

首先，需要明确的是，行政协议无效的确认主要依据《中华人民共和国行政诉讼法》及其司法解释，以及《中华人民共和国民法典》中关于合同无效的相关规定。具体来说：

1. 《中华人民共和国行政诉讼法》第七十五条：该条款规定，若行政行为存在实施主体不具有行政主体资格或者没有依据等重大且明显违法情形，原告申请确认行政行为无效的，人民法院应当判决确认无效。这是判断行政协议无效的基本法律依据。

2. 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》第九十九条：此条款进一步细化了“重大且明显违法”的情形，包括行政行为实施主体不具有行政主体资格、减损权利或增加义务的行政行为没有法律规范依据、行政行为内容客观上不可能实施等，为法院判断行政协议是否无效提供了具体标准。

3. 《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第十二条：该规定明确指出，行政协议存在行政诉讼法第七十五条规定的重大且明显违法情形的，人民法院应当确认行政协议无效。

4. 《中华人民共和国民法典》：由于行政协议同时具有行政性和合同性特征，法院在审理时也会参照民法典中关于合同无效的规定，如虚假意思表示、违反法律行政法规的强制性规定、违背公序良俗及恶意串通损害他人合法权益等情形。

二、申请行政赔偿的步骤

在行政协议被确认无效后，若您认为因此遭受了损失，可以按照以下步骤申请行政赔偿：

1. 收集证据：

   • 收集证明行政协议无效的相关证据，如法院判决书、行政协议文本等。
   • 收集证明您因此遭受损失的证据，如财务记录、损失评估报告等。

2. 确定赔偿请求：

   • 根据您的实际损失情况，确定具体的赔偿请求，包括赔偿金额、赔偿方式等。

3. 向赔偿义务机关提出赔偿申请：

   • 赔偿义务机关通常是作出无效行政协议的行政机关。
   • 提交书面赔偿申请，并附上相关证据材料。

4. 等待赔偿义务机关的处理：

   • 赔偿义务机关会在收到申请后进行审查，并在规定时间内作出赔偿决定。
   • 若您对赔偿决定不满意，可以在规定时间内向上一级行政机关申请复议，或者向人民法院提起诉讼。

三、注意事项

1. 时效性：

   • 申请行政赔偿有一定的时效限制，请务必在规定时间内提出申请，以免丧失赔偿权利。

2. 专业性：

   • 行政赔偿申请涉及法律专业知识，若您不熟悉相关法律程序，建议咨询专业律师或法律机构，以确保您的权益得到有效保护。

3. 全面审查：

   • 在申请行政赔偿前，请全面审查行政协议内容及相关法律法规，确保您的赔偿请求有充分的事实和法律依据。

综上所述，当行政协议被确认无效后，您可以通过收集证据、确定赔偿请求、向赔偿义务机关提出赔偿申请等步骤来申请行政赔偿。同时，请注意时效性、专业性和全面审查等事项，以确保您的权益得到有效保护。