行政协议无效的赔偿一般是由国家承担的。具体来说，如果行政机关在行政协议中存在违法行为，导致行政协议被确认无效，那么因此给行政相对人（即协议另一方）造成的合法权益损失，行政机关应当依法承担赔偿责任。这种赔偿责任属于国家赔偿责任的一种。
在理解这一结论时，我们可以从以下几个方面进行深入分析：
行政协议的性质：
- 行政协议是行政机关为了实现行政管理或者公共服务目标，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。
- 由于行政协议的一方主体是行政机关，因此其具有一定的公法性质。
行政协议无效的情形：
- 行政协议可能因多种原因被确认无效，如行政机关超越法定职权、违反法定程序、协议内容违法等。
- 一旦行政协议被确认无效，那么该协议自始没有法律约束力，双方应当恢复到协议订立前的状态。
赔偿责任的承担：
- 如果行政协议的无效是由于行政机关的违法行为导致的，那么行政机关应当依法承担赔偿责任。
- 这种赔偿责任是基于行政机关的违法行为给行政相对人造成的合法权益损失而产生的。
- 赔偿的范围通常包括行政相对人因协议无效而遭受的直接损失和间接损失。
国家赔偿责任的体现：
- 行政机关作为国家的代表，在行使职权过程中造成的损害，最终是由国家来承担赔偿责任的。
- 因此，行政协议无效的赔偿可以视为国家赔偿责任在行政协议领域的一种具体体现。
综上所述，行政协议无效的赔偿一般是由国家承担的。如果行政机关在行政协议中存在违法行为导致协议无效，并给行政相对人造成损失，行政机关应当依法承担赔偿责任。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。