政府信息公开申请中，征收方回复“入户调查登记表信息不存在”是否合法，需分情况判断，具体分析如下：

1. 若入户调查登记表确实不存在，回复合法但需举证
   根据《政府信息公开条例》第三十六条，行政机关对申请公开的信息，经检索发现不存在的，应当告知申请人并说明理由。若征收方能提供证据（如内部检索记录、档案查询凭证等）证明该表从未制作或已灭失，则回复合法。但若征收方仅口头答复“不存在”却未提供任何检索证明，可能涉嫌程序违法。

2. 若入户调查登记表实际存在，回复违法且需担责
   若该表属于征收方应主动公开或依申请公开的范围（如涉及被征收人补偿依据的调查材料），且征收方故意隐瞒或拒绝提供，则违反《政府信息公开条例》第三十六条、第五十一条规定。被征收人可向上级行政机关或监察机关举报，或直接提起行政诉讼，要求确认回复违法并责令公开信息。

3. 若入户调查登记表属于过程性信息，可能不公开但需说明
   根据《政府信息公开条例》第十六条，行政机关在履行行政管理职能过程中形成的讨论记录、过程稿等过程性信息，可以不予公开。但若该表已作为补偿依据的最终文件（如已签字确认的调查表），则不属于过程性信息，必须公开。征收方需明确说明“信息属于过程性信息”并引用具体条款，否则回复可能违法。

建议行动步骤：

• 要求征收方出具书面检索证明（如档案查询记录、系统截图等）；
  
• 若怀疑信息存在，可向同级政府信息公开工作主管部门申请复议；
  
• 直接向法院提起行政诉讼，要求征收方举证信息不存在的证据。
  

如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我咨询。