结论：国企是否会查询妻子有无案底，取决于具体岗位性质、国企内部规定以及相关法律法规的要求，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 一般岗位情况：

   • 对于大多数国企的一般岗位，如行政、财务、市场等，通常不会主动查询员工配偶的案底情况。这些岗位主要关注员工本人的工作能力、职业素养和背景调查，配偶的案底一般不影响员工的录用和晋升。

2. 特殊岗位或敏感岗位：

   • 如果岗位涉及国家安全、机密信息、金融安全等敏感领域，或者需要员工具备较高的政治素质和道德品质，国企可能会进行更为严格的背景调查，包括员工配偶的案底情况。这是为了确保员工及其家庭成员没有可能对工作造成不良影响的因素。
   • 例如，在涉及国家秘密的岗位上，如果员工配偶有犯罪记录，特别是涉及危害国家安全、泄露国家秘密等犯罪，可能会对员工的录用和任职产生严重影响。

3. 国企内部规定：

   • 不同国企可能有不同的内部规定和招聘流程。一些国企可能出于风险防控的考虑，在招聘过程中要求员工提供配偶的无犯罪记录证明或其他相关证明文件。这并非普遍现象，而是取决于国企的具体政策和岗位需求。

4. 法律法规要求：

   • 目前，我国法律法规并未明确规定国企必须查询员工配偶的案底情况。国企的招聘和用人行为主要受到《劳动法》、《劳动合同法》等法律法规的约束，这些法律法规主要关注员工本人的权益和义务，而非其配偶的情况。

法律建议：

• 如果您或您的妻子对国企是否会查询案底有疑虑，建议在应聘前主动了解该国企的招聘政策和岗位需求，特别是关于背景调查的部分。
• 如果国企要求提供配偶的无犯罪记录证明或其他相关证明文件，您可以根据实际情况提供或解释。如果认为该要求不合理或侵犯了个人隐私，可以寻求法律援助或咨询相关部门。

可能后果：

• 如果国企因配偶案底而拒绝录用或解雇员工，且该行为违反了相关法律法规或内部规定，员工有权依法维护自己的权益，包括申请劳动仲裁或提起诉讼等。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。