结论：即使综合工时制未备案，劳动者仍然可以就休息日加班问题申请劳动仲裁。不过，未备案可能会对仲裁结果产生一定影响，具体需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、综合工时制未备案的法律后果
综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许劳动者在一定的周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，只要总工时不超过法定标准，就不视为加班。然而，实行综合工时制需要经过劳动行政部门的审批或备案。如果用人单位未依法进行备案，这通常属于违法行为，可能会面临劳动行政部门的处罚，如责令改正、罚款等。
二、未备案对休息日加班仲裁的影响
加班事实的认定：
- 无论综合工时制是否备案，劳动者实际加班的事实都是客观存在的。如果劳动者能提供充分的证据（如考勤记录、工作记录、同事证言等）证明自己在休息日加班，那么这些加班事实应当被仲裁机构或法院认可。
加班工资的支付：
- 根据《劳动法》及相关规定，劳动者在休息日加班的，用人单位应当支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。这一规定并不依赖于综合工时制是否备案。因此，即使综合工时制未备案，劳动者仍然有权要求用人单位支付休息日加班的工资。
未备案对仲裁结果的可能影响：
- 虽然未备案不影响加班事实的认定和加班工资的支付，但它可能影响仲裁机构或法院对用人单位违法行为的认定和处罚。如果用人单位因未备案而面临劳动行政部门的处罚，这可能间接影响仲裁机构或法院对用人单位诚信度的评价，从而在裁决时对劳动者更为有利。
- 另外，如果用人单位主张已经实行综合工时制但未备案，仲裁机构或法院可能会要求用人单位提供其他证据来证明其主张，如内部规章制度、员工手册、工资支付记录等。如果用人单位无法提供充分证据，其主张可能不被采纳。
三、劳动者的应对策略
收集证据：
- 劳动者应尽可能收集与加班相关的证据，如考勤记录、工作记录、同事证言等。这些证据将有助于证明加班事实的存在和加班时间的长度。
申请劳动仲裁：
- 劳动者可以向当地劳动仲裁机构申请仲裁，要求用人单位支付休息日加班的工资。在申请仲裁时，劳动者应明确陈述自己的仲裁请求和事实理由，并提供相关证据支持。
寻求法律援助：
- 如果劳动者对法律程序不熟悉或担心自己的权益得不到保障，可以寻求专业律师的法律援助。律师将能够为劳动者提供专业的法律意见和帮助，确保劳动者的权益得到充分维护。
最后，综合工时制未备案并不影响劳动者就休息日加班问题申请劳动仲裁的权利。劳动者应积极收集证据、申请仲裁并寻求法律援助，以维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。