结论：员工因迟到被扣50元是否违法，需根据具体情况判断，若用人单位有合法有效的规章制度、员工同意且扣款合理，则不违法；反之，则可能违法。以下是对此问题的详细分析：
一、不违反劳动法的情况
存在合法有效的规章制度：
- 制定程序合法：用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度，如考勤制度时，应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若考勤制度中明确规定了迟到扣款的条款，且该条款的制定程序合法，则具备了一定的合法性基础。
- 内容合理：规章制度中规定的迟到处罚标准，如迟到一次扣50元，应在合理范围内。这通常意味着扣款金额应与员工给企业造成的经济损失或影响程度相匹配，并考虑员工的工资水平。例如，对于月工资较高的员工，扣除50元作为惩戒通常被认为是合理的。
- 公示与告知：用人单位应将规章制度进行公示或告知劳动者，确保员工知晓并同意相关条款。常见的公示方式包括在公司公告栏张贴、通过内部办公系统发布、组织员工培训学习并签字确认等。
员工同意：
- 如果员工在签订劳动合同时已明确知晓并同意相关规章制度，包括迟到的处罚标准，那么用人单位按照规章制度执行扣款行为，通常不被视为违反劳动法。
二、违反劳动法的情况
无相关规章制度或未履行合法程序：
- 如果用人单位没有制定关于迟到扣款的规章制度，或者虽有制度但未经过合法的制定和公示程序，那么随意以迟到为由扣员工50元工资就是违法的。
规章制度不合理：
- 即使有用人单位合法制定和公示的规章制度，但如果迟到扣50元的标准明显过高，对员工造成了不合理的经济负担，也可能被认定为违反劳动法。例如，对于低薪员工而言，高额的扣款可能构成不合理的经济压力，甚至可能低于当地最低工资标准。
违反最低工资标准：
- 如果因多次迟到导致扣除的工资数额较大，使得员工当月实际领取的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣除行为也是违法的。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准，这是法律的强制性规定。
三、劳动者权益保护建议
如果劳动者认为用人单位的迟到扣款行为侵犯了自己的合法权益，可以采取以下措施维护自己的权益：
- 协商解决：首先尝试与用人单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。例如，可以提出调整扣款标准或提供其他形式的补偿等。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并要求用人单位改正。
- 申请劳动仲裁：如果投诉未能解决问题，劳动者还可以依法申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。劳动仲裁委员会将根据事实和法律进行裁决，并保障劳动者的合法权益得到实现。
总结：迟到扣50元是否违反劳动法取决于多个因素，包括用人单位是否有合法有效的规章制度、员工是否同意以及扣款行为是否合理等。劳动者在遇到相关问题时应了解自己的权益，并采取适当的措施进行维权。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。