结论：是否合法需分情况讨论，关键看协议内容是否违反法律强制性规定或损害劳动者权益。以下从不同角度展开分析：

1. 若协议内容合法合规，则签署行为有效

根据《住房公积金管理条例》规定，用人单位必须为劳动者缴纳住房公积金，这是法定义务。若公司要求签署的协议内容仅涉及公积金缴纳方式的确认（如双方约定由公司代缴、劳动者自行缴纳后公司报销等合法形式），且不违反以下原则，则协议合法：

• 不免除公司法定义务：协议不得约定公司不再缴纳公积金，或要求劳动者放弃公积金权益；
• 不损害劳动者利益：例如，协议中不得约定“劳动者离职后放弃追缴公积金的权利”等无效条款；
• 符合程序要求：协议需双方自愿签署，不得存在胁迫、欺诈等情形。

示例：若公司因经营困难，与劳动者协商一致后签署协议，约定暂缓缴纳公积金但明确补缴时间，且经公积金管理中心备案，则协议合法。

2. 若协议内容违法，则签署行为无效

若公司通过协议试图逃避法定义务或侵害劳动者权益，则协议无效，劳动者可依法维权：

• 违法情形1：免除公司缴纳义务
  例如，协议中约定“劳动者自愿放弃公积金，公司不再缴纳”，此类条款因违反《住房公积金管理条例》的强制性规定而无效。公司仍需补缴公积金，并可能面临公积金管理中心处罚（如罚款、责令限期缴存等）。
• 违法情形2：附加不合理条件
  例如，协议约定“劳动者离职后需承诺不追缴公积金，否则公司不予办理离职手续”，此类条款属于限制劳动者权利，违反《劳动合同法》中关于“用人单位不得扣押劳动者证件或要求提供担保”的规定，劳动者可拒绝签署并投诉。
• 违法情形3：程序违法
  若公司以不签署协议就不办理离职手续、不发工资等手段胁迫劳动者签署，则协议因胁迫而无效，劳动者可向劳动监察部门举报或申请劳动仲裁。

3. 劳动者如何应对？

• 核查协议内容：重点看是否涉及“放弃公积金”“免除公司义务”等违法条款；
• 拒绝签署违法协议：若协议违法，劳动者有权拒绝签署，并要求公司按法律规定缴纳公积金；
• 保留证据维权：若公司因此克扣工资、拖延离职手续，劳动者可收集协议文本、沟通记录等证据，向当地公积金管理中心或劳动仲裁委员会投诉/申请仲裁，要求公司补缴公积金并赔偿损失。

总结：公司要求签署公积金协议是否合法，需结合协议具体内容判断。若协议合法合规，劳动者可签署；若违法，劳动者应拒绝并依法维权。如有疑问，可直接向我咨询具体协议条款或维权流程。