结论前置：在股权转让协议中，双方可以约定本次转让的税费由购买方承担，但这一约定需遵循相关法律法规对法定纳税义务人的规定，且不得损害国家税收利益。
一、法定纳税义务主体及税费种类
个人所得税：根据《中华人民共和国个人所得税法》，个人转让股权时，转让方为个人所得税的纳税人，税率为20%。受让方则作为扣缴义务人，负责代扣代缴税款。若转让价格不合理或无法提供完整股权原值凭证，税务机关有权核定股权转让收入并征税。
企业所得税：依据《中华人民共和国企业所得税法》，企业转让股权取得的收入属于转让财产收入，应纳入收入总额缴纳企业所得税。此时，法定纳税人为转让股权的企业。
印花税：根据《中华人民共和国印花税法》，股权转让所立的书据应缴纳印花税。签订股权转让合同的双方（转让方和受让方）均为印花税的纳税人，通常按价款的万分之五贴花，各自承担一半，除非另有约定。
其他税费：股权转让还可能涉及增值税、附加税及土地增值税等其他相关税费，具体承担方需根据实际情况和相关法律法规确定。
二、约定税费承担的效力与风险
约定效力：交易双方可以通过合同约定税费的实际承担方。这一约定应遵循自愿原则，且不违反法律、行政法规的强制性规定，同时不得损害国家税收利益。因此，在股权转让协议中约定税费由购买方承担，在法律上是可行的。
潜在风险：尽管双方可以约定税费承担方式，但法定纳税义务人的身份不会因此改变。若约定导致法定纳税义务人不履行纳税申报等法定义务，税务机关仍将追究法定纳税义务人的责任。法定纳税义务人在承担责任后，可依据合同约定向实际承担方追偿。这意味着，如果购买方未按约定承担税费，转让方仍可能面临税务风险。
三、实践建议
明确约定：在签订股权转让合同时，应明确约定税费的承担方式，包括具体税种、承担比例及支付方式等。这有助于避免后续产生不必要的纠纷。
咨询专业意见：由于股权转让涉及复杂的法律和税务问题，建议双方在签订合同前咨询专业律师或税务机构的意见。这可以确保税费承担的约定符合相关法律法规要求，降低潜在的法律风险和经济损失。
保留证据：在履行合同过程中，双方应妥善保留与税费承担相关的证据，如付款凭证、税务申报表等。这些证据在后续可能发生的纠纷中具有重要的证明作用。
示例说明：假设A公司将其持有的B公司股权转让给C公司，双方在股权转让协议中约定，本次转让的所有税费（包括个人所得税、企业所得税、印花税等）均由C公司承担。这一约定在法律上是有效的，但A公司作为法定纳税义务人，仍需确保相关税费的申报和缴纳工作得到妥善处理。如果C公司未按约定承担税费，A公司可能面临税务风险，并有权依据合同约定向C公司追偿。
总结：在股权转让协议中约定税费由购买方承担是合法的，但双方需明确约定并遵循相关法律法规对法定纳税义务人的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。