在处理股权转让协议中约定税款依法各自承担，但后续出现争议或税务问题时，法院的处理方式通常会依据相关法律法规、合同条款的具体内容以及交易双方的实际情况来综合判断。以下是对此问题的详细解答：

一、法律法规依据

1. 《中华人民共和国税法》：该法规定了纳税义务人的确定原则，即谁取得收入谁为纳税义务人。在股权转让中，个人所得税通常由转让方（即股权出让方）承担，除非合同中有特别约定。

2. 《中华人民共和国合同法》：该法规定了合同条款的解释原则，当合同条款存在争议时，应按照合同所使用的词句、合同的有关条款、合同的目的、交易习惯以及诚实信用原则来确定条款的真实意思。

二、法院处理原则

1. 合同条款解释：

   • 若股权转让协议中明确约定了税款的承担方式（如“税款依法各自承担”），法院会首先审查该条款的具体含义和上下文，以确定双方的真实意图。
   • 对于“净得价款”等类似表述，法院会结合合同的其他条款和交易习惯，判断其是否排除了个人所得税的承担。若未明确排除，则通常认为个人所得税应由转让方承担。

2. 纳税义务人确定：

   • 根据税法规定，股权转让产生的个人所得税应由所得人（即转让方）为纳税义务人。除非合同中有明确约定且该约定不违反税法规定，否则转让方不能单方面将纳税义务转嫁给受让方。

3. 实际履行情况：

   • 法院在审理案件时，还会考虑双方的实际履行情况。若转让方已按照合同约定履行了股权转让义务，但受让方未按照约定承担税款，且转让方因此遭受了损失，法院可能会支持转让方的诉求。
   • 然而，若转让方本身存在偷税、漏税等违法行为，法院将不会支持其关于税款承担的主张，并可能依法追究其法律责任。

三、具体案例分析

以您提供的案例为例：

• 案例2（B公司偷税案）：B公司试图通过将股权转让款项转入原法定代表人个人账户并隐瞒收入来降低税负，该行为被税务机关定性为偷税。尽管B公司辩称与D公司签有补充合同并约定税款由D公司承担，但法院并未采纳此辩解，因为B公司的行为违反了税法规定。

• 案例3（原告乙诉被告丙股权转让合同纠纷）：乙与丙签订的《公司转让协议》中约定了“净得价款”500万元，但未明确约定个人所得税的承担方式。法院在审理时认为，“净得价款”仅排除了过户费用，并未排除个人所得税；同时，合同中并未明确约定由谁缴纳个人所得税。因此，法院依据税法规定判决由乙承担此次股权转让产生的个人所得税纳税义务。

四、建议与总结

1. 明确合同条款：在签订股权转让协议时，双方应明确约定税款的承担方式，避免使用模糊或易产生争议的表述。

2. 遵守税法规定：双方应严格遵守税法规定，按时申报并缴纳税款，避免偷税、漏税等违法行为。

3. 准备充分资料：在进行股权转让时，双方应准备充分的资料以证明交易的合法性和合理性，便于税务机关进行稽查和审核。

4. 及时咨询专业意见：若对股权转让的税务处理存在疑问或争议，建议及时咨询专业税务律师或会计师的意见，以确保交易的合规性和税务处理的准确性。

综上所述，法院在处理股权转让协议中约定税款依法各自承担的问题时，会依据相关法律法规、合同条款的具体内容以及交易双方的实际情况来综合判断。因此，在签订股权转让协议时，双方应明确约定税款的承担方式并严格遵守税法规定。