结论：厂里每月扣50元商业险是否合法需分情况讨论，关键在于是否满足“自愿协商”和“程序合法”两大核心条件。以下从不同角度展开分析：
1. 若员工已书面同意扣除，且保险内容合法，则可能合法
根据《劳动合同法》第17条，劳动合同中可约定“社会保险”相关条款，但需注意：
- 商业险≠社保：社保（养老、医疗、失业等）是法定强制险，企业必须缴纳且不得转嫁成本；而商业险（如意外险、补充医疗险）属于自愿购买的补充保险，企业可与员工协商是否购买。
- 关键点：若企业通过书面协议（如劳动合同补充条款、员工签字确认的《自愿购买商业险同意书》）明确约定“员工自愿承担费用”，且保险内容不违反法律（如不涉及高风险投资、非法集资等），则扣除行为可能合法。
- 例外：若企业以“不扣钱就不录用/辞退”等胁迫方式要求员工同意，则协议无效，扣除行为违法。
2. 若未协商或强制扣除，则大概率违法
- 强制扣除无依据：根据《工资支付暂行规定》第16条，企业仅能在“代扣代缴个人所得税、社保个人部分、法院判决的抚养费等法定情形”下扣工资。商业险费用不属于法定代扣范围，若企业未经员工同意直接扣除，属于克扣工资，员工可依据《劳动合同法》第38条主张被迫解除劳动合同，并要求企业补发工资、支付经济补偿金。
- 程序违法风险：即使员工同意扣除，企业也需履行告知义务（如明确保险内容、费用、理赔规则等）。若企业未充分说明或隐瞒关键信息（如保险实际保障范围与宣传不符），员工可主张协议无效，要求退款。
3. 特殊情形：企业统一购买商业险作为福利，但要求员工分摊部分费用
若企业将商业险作为员工福利（如团体意外险），并明确“企业承担大部分费用，员工分摊小部分（如50元/月）”，且通过民主程序（如职工代表大会讨论、公示）制定相关制度，则可能被认定为合法。但需注意：
- 制度需经员工签字确认或公示无异议；
- 费用分摊比例需合理，不得显著加重员工负担；
- 保险内容需符合法律法规（如不涉及歧视性条款）。
建议行动
- 核查依据：要求企业出示书面协议或制度文件，确认是否经本人签字同意；
- 核对保险内容：要求企业提供保险合同，确认保险类型、保障范围、理赔条件等是否合法合规；
- 协商或投诉：若企业违法扣除，可先与企业协商退款；协商不成，可向当地劳动监察大队投诉（电话：12333）或申请劳动仲裁。
如有进一步疑问（如具体协议条款分析、投诉流程指导等），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细解答。