结论：公司在员工的提成中扣除工资、社保公积金的行为是否合法，需分情况讨论，具体如下：
关于扣除工资
根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位仅在两种情形下可扣除员工工资：
- 法定情形：如代扣代缴个人所得税、社保公积金个人部分、法院判决的抚养费等；
- 约定情形：因员工本人原因给公司造成经济损失，且公司能证明损失与员工行为存在直接因果关系，同时扣除部分不得超过月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
若公司以“提成中扣除”为由变相降低工资，且不符合上述法定或约定情形，则属于违法行为。例如，若提成属于员工应得劳动报酬的一部分，公司无权单方面扣除用于弥补非员工原因造成的损失。
关于扣除社保公积金
根据《社会保险法》第六十条及《住房公积金管理条例》第十九条，社保公积金的缴纳义务如下：
- 个人部分：由公司从员工工资中代扣代缴，但需明确工资基数（通常为基本工资，而非提成）；
- 单位部分：由公司单独承担，不得转嫁至员工。
若公司从提成中扣除本应由单位承担的社保公积金费用，属于违法行为。例如，若员工月工资由基本工资+提成构成，公司仅能对基本工资部分代扣个人社保公积金，提成部分不得用于抵扣单位应缴部分。
建议行动：
- 核查劳动合同及公司制度：确认提成是否属于工资组成部分（如合同中约定“提成纳入工资总额”），以及公司扣除行为是否有书面依据；
- 收集证据：保留工资条、提成计算明细、社保公积金缴费记录等，证明公司实际扣除情况；
- 协商或投诉：
- 优先与公司协商，要求书面说明扣除理由及依据；
- 若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉（针对工资扣除）或社保/公积金管理中心举报（针对单位缴费部分）；
- 申请仲裁：若损失较大，可依据《劳动争议调解仲裁法》申请劳动仲裁，主张补发工资、补缴社保公积金及赔偿金。
风险提示：
- 若公司扣除行为合法（如符合法定代扣或约定损失赔偿），员工需承担举证责任，证明扣除超出合理范围；
- 社保公积金未足额缴纳可能影响员工购房、落户、医疗等权益，需及时主张权利。
如有进一步细节（如合同条款、扣除比例等），可继续向我咨询，我会结合具体情形为您分析。