关于您提出的“让现在公司补缴6年前的公积金是否合法”的问题，这确实是一个涉及劳动者权益的重要议题。以下是我根据相关法律法规和实际案例，为您提供的详细解答：

首先，从法律法规的角度来看，公司有义务为员工按时、足额缴存住房公积金。这一义务是法定的，不因时间的推移而免除。无论是国务院的《住房公积金管理条例》，还是各地的地方性法规，如《南京市住房公积金管理条例》、《深圳市住房公积金管理暂行办法》等，都明确规定了单位应当为员工缴存住房公积金，并规定了相应的法律责任。

其次，关于补缴公积金的时效问题，虽然不同地区的具体规定可能有所不同，但一般来说，只要存在劳动关系且未缴存住房公积金的事实，员工就有权要求单位进行补缴。以您提到的案例为例，南京住房公积金管理中心就成功为381名职工追缴了6年前少缴的住房公积金，这充分说明了补缴公积金的合法性并不受时间限制（当然，具体还需参考当地法规和政策）。

再者，如果公司拒绝补缴，员工有权向当地的住房公积金管理中心进行投诉。投诉时，您需要提供与公司的劳动关系证明、工资收入证明等相关材料，以便公积金管理中心进行调查核实。一旦核实无误，公积金管理中心将依法责令公司进行补缴，并可能对公司进行相应的处罚。

最后，我想强调的是，维护自己的合法权益是每个劳动者的权利。如果您发现公司存在未缴存住房公积金的情况，不要犹豫，及时向公积金管理中心投诉，并积极配合调查工作。同时，也建议您在投诉前与公司进行沟通协商，看是否能够通过友好方式解决问题。

综上所述，让现在公司补缴6年前的公积金是合法的，只要您能够提供充分的证据证明存在劳动关系且未缴存住房公积金的事实。希望我的解答能够对您有所帮助，如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。