医院复审不通过扣资金是否合法，需结合具体情况及法律法规综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合同或协议约定角度：
- 如果医院与相关管理部门（如卫生行政部门、医保部门等）之间存在明确的合同或协议，且该合同或协议中明确规定了复审不通过将扣减资金的具体条款，那么在这种情况下，扣减资金的行为可能是合法的，前提是该条款不违反法律法规的强制性规定，且双方在签订合同时均处于平等、自愿的地位。
- 示例：若医院与医保部门签订的协议中规定，若医院在医保复审中不通过，将按照一定比例扣减医保结算资金，且该比例和扣减方式均符合法律法规和政策要求，那么扣减行为就是合法的。
法律法规角度：
- 如果没有明确的合同或协议约定，那么就需要依据相关的法律法规来判断扣减资金的行为是否合法。一般来说，法律法规不会直接规定医院复审不通过就要扣减资金，但可能会规定一些与医院管理、医疗质量、医保基金使用等相关的条款，这些条款可能间接影响到医院资金的扣减。
- 分析：例如，如果医院在复审中被发现存在严重的医疗质量问题或违规使用医保基金的行为，那么根据相关法律法规，医院可能会面临罚款、暂停医保结算资格等处罚，这些处罚可能导致医院资金的减少。但这种情况下，资金的减少并非直接因为复审不通过，而是因为医院存在违法行为或违规行为。
合理性角度：
- 即使合同或协议中有关于复审不通过扣减资金的规定，也需要考虑该规定的合理性。如果扣减资金的比例过高、方式不合理，或者对医院造成了过大的经济负担，那么该规定可能因显失公平而被认定为无效或可撤销。
- 建议：医院在面对复审不通过扣减资金的情况时，应首先审查相关合同或协议中的条款，评估其合法性和合理性。如果认为扣减行为不合法或不合理，可以通过协商、申诉、诉讼等方式维护自己的合法权益。
总结与建议：
- 医院应仔细审查与相关管理部门签订的合同或协议，明确其中关于复审不通过扣减资金的具体条款。
- 如果认为扣减行为不合法或不合理，医院可以积极与相关部门进行沟通协商，寻求解决方案。
- 在必要时，医院可以寻求法律援助或提起诉讼，以维护自己的合法权益。
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