您好，关于您提出的“员工离职是否可以申请工资直接发”的问题，我可以明确地告诉您，员工离职时，公司不可以不发工资，且应按照员工实际工作的天数和约定的工资标准，及时、足额地支付工资。
首先，我们来看看相关的法律依据：
《中华人民共和国劳动法》第五十条：这一条款明确规定了工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，只要您提供了正常的劳动，无论您以何种方式离职，公司都有义务按照约定支付工资。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：该条款进一步强调了用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果公司拖欠或未足额支付劳动报酬，您有权依法向当地人民法院申请支付令。
接下来，我们谈谈特殊情况的处理：
经济损失赔偿：虽然公司不能因为您直接离职而不发工资，但如果您的离职行为给公司造成了经济损失，公司可以依据相关法律规定和公司内部规章制度要求您赔偿。但重要的是，赔偿损失与支付工资是两个独立的法律关系，公司不能以扣除工资的方式直接抵偿损失，而应通过协商、仲裁或诉讼等合法途径解决。
违反竞业限制或保密协议：如果您与公司签订了竞业限制协议或保密协议，并因您的直接离职行为违反了这些协议，公司可以根据协议约定要求您承担违约责任。但这同样不能成为公司拒付工资的理由。
最后，我给您一些维权途径与建议：
如果您遇到公司以直接离职为由拒发工资的情况，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
优先协商：尝试与公司进行友好沟通，明确指出公司扣发工资的行为违反法律规定，要求其尽快支付拖欠的工资。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉，由其对公司的违法行为进行调查和处理，并责令公司限期支付工资。
申请劳动仲裁：在收集了充分的证据（如劳动合同、工资条、工作记录、离职通知记录等）后，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能的经济补偿。
提起诉讼：如果您对仲裁裁决不服，可以在收到仲裁裁决书之日起的法定期限内向人民法院提起诉讼，通过法律程序来维护自己的合法权益。
综上所述，员工离职时，公司应按照法律规定及时、足额地支付工资。如果公司违反这一法定义务，您有多种途径可供选择以维护自己的合法权益。希望这些信息能对您有所帮助。