若公司因员工休年假而扣钱，属于违法行为，公司应按照员工日工资收入的300%支付年休假工资报酬，其中包含公司已支付员工正常工作期间的工资收入，即额外支付200%的工资作为补偿。以下从多个角度详细分析：
法律依据
根据《职工带薪年休假条例》第二条：机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假（以下简称年休假）。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。以及第五条：单位确因工作需要不能安排职工休年休假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年休假。对职工应休未休的年休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。
补偿计算方式
- 日工资收入计算：日工资收入按照职工本人的月工资除以月计薪天数（21.75天）进行折算。这里的月工资是指职工在用人单位支付其未休年休假工资报酬前12个月剔除加班工资后的月平均工资。在本用人单位工作时间不满12个月的，按实际月份计算月平均工资。
- 补偿金额确定：公司应按照员工日工资收入的300%支付年休假工资报酬，其中包含公司已支付员工正常工作期间的工资收入。因此，公司实际需要额外支付的金额为员工日工资收入的200%。
特殊情况处理
- 员工自愿不休年假：如果公司能够提供证据证明员工是自愿不休年假的，比如员工书面签署了不休年假的申请或确认书，那么公司可能不需要支付额外的年休假工资报酬。但这种情况下，公司仍需支付员工正常工作期间的工资。
- 公司已安排年假但员工未休：如果公司已经为员工安排了年假，但员工因个人原因（如请假、离职等）未能休满年假，且公司能够提供证据证明已尽到安排义务的，公司可能不需要支付额外的年休假工资报酬。但同样，公司仍需支付员工正常工作期间的工资。
维权途径
如果公司因员工休年假而扣钱，员工可以通过以下途径维护自己的合法权益：
- 与公司协商：首先尝试与公司进行协商，要求公司按照法律规定支付年休假工资报酬。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：员工还可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付年休假工资报酬及可能的赔偿金。
预防措施
为了避免类似纠纷的发生，公司可以采取以下预防措施：
- 完善年假制度：制定明确的年假政策，包括年假的申请、审批、安排等流程，确保员工能够充分了解并享受年假权益。
- 加强沟通：在安排年假时，加强与员工的沟通，了解员工的休假需求和计划，尽量满足员工的合理需求。
- 保留证据：在员工休假过程中，保留好相关证据，如休假申请、审批记录、考勤记录等，以备不时之需。