关于员工请假年终奖怎么扣的问题，不能一概而论，需结合公司规章制度、劳动合同约定以及请假性质等多方面因素综合判断。以下分情况详细说明：

1. 公司有明确规章制度且合法合理
   若公司规章制度中明确规定了年终奖的发放条件、计算方式，以及请假与年终奖扣除的关联规则（例如：全年请假超过一定天数，按比例扣除年终奖），且该制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等）、已向员工公示或告知，同时不违反法律法规强制性规定（如最低工资标准、同工同酬等），则公司可以按照制度执行。
   例如：制度规定“全年事假累计超过15天，年终奖扣除30%”，员工事假20天，公司扣除30%年终奖属于合法操作。

2. 公司无明确制度或制度违法
   若公司未制定相关制度，或制度未经过民主程序、未公示，或扣除规则显失公平（如“请假1天扣全年年终奖”），则公司无权单方面扣除年终奖。此时员工可主张全额发放，若公司拒绝，可通过劳动仲裁维权。
   法律依据：根据《劳动合同法》第4条，用人单位制定规章制度需经民主程序并公示；《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第50条，用人单位以劳动者违反规章制度为由解除劳动合同或扣减报酬，需证明制度合法有效且劳动者知晓。

3. 请假性质影响年终奖扣除

   • 病假：若员工因病请假，且符合《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》的医疗期范围，公司通常不得以病假为由扣除年终奖（除非制度明确区分病假与事假且合法）。
     
   • 事假：事假属于无薪假，但年终奖是否扣除需看制度约定。若制度未规定事假与年终奖挂钩，公司不得扣除。
     
   • 法定假期：如年假、婚假、产假等，属于员工法定权益，公司不得以此类假期为由扣除年终奖。

4. 劳动合同有特别约定
   若劳动合同中明确约定了年终奖的发放条件（如“全年无请假记录发放全额年终奖”），且该约定不违反法律强制性规定，则公司可按合同执行。但需注意，此类约定需公平合理，不得排除劳动者主要权利（如“请假即无年终奖”可能因显失公平被认定无效）。

建议：

• 对员工而言：若公司扣除年终奖，可先核对公司制度、劳动合同是否明确约定扣除规则，若制度违法或无约定，可向公司提出异议或申请劳动仲裁。
  
• 对公司而言：制定年终奖制度时需确保合法合规，明确扣除规则并公示；处理请假与年终奖问题时需区分假期性质，避免滥用扣除权。
  

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