结论：在工程项目中，与建筑分公司签订合同后，能否向总公司主张权利（包括要求支付款项等），需根据具体情况判断，主要取决于合同约定、分公司权限及总公司与分公司之间的法律关系。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同约定角度
合同主体明确性：
- 如果合同中明确约定了合同主体为建筑分公司，且未提及总公司，那么原则上应由分公司承担合同权利义务。在此情况下，若分公司未履行付款义务，您应首先向分公司主张权利。
- 但若合同中虽以分公司名义签订，却明确约定了总公司的付款责任，或总公司以其他方式（如补充协议、承诺函等）表明愿意承担付款责任，则您有权向总公司主张权利。
合同条款解释：
- 在合同条款存在歧义或不明确时，应结合合同目的、交易习惯及诚实信用原则进行解释。若合同目的指向总公司承担最终责任，或交易习惯中通常由总公司承担此类责任，则您可能有权向总公司主张权利。
二、分公司权限角度
分公司授权范围：
- 分公司作为总公司的分支机构，其权限通常受总公司授权限制。若分公司签订合同的行为超出了总公司的授权范围，且未得到总公司的事后追认，则该合同可能对总公司不产生约束力。在此情况下，您向总公司主张权利可能面临困难。
- 因此，在签订合同时，您应要求分公司提供总公司的授权书或相关证明文件，以确认分公司有权签订并履行该合同。
分公司独立性与责任承担：
- 尽管分公司不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担，但这并不意味着您可以直接向总公司主张所有权利。在合同纠纷中，您仍应首先依据合同约定向合同相对方（即分公司）主张权利。
- 只有在分公司无法履行合同义务，且总公司作为其民事责任的最终承担者时，您才有可能在特定情况下（如分公司财产不足以清偿债务时）向总公司主张权利。
三、总公司与分公司法律关系角度
总公司对分公司的管理责任：
- 总公司作为分公司的设立者和管理者，对分公司的经营活动负有管理责任。若分公司因管理不善导致无法履行合同义务，总公司可能需承担一定的管理责任。但这种责任通常表现为对分公司的内部管理或监督不力，而非直接对外承担合同责任。
总公司对分公司的债务承担：
- 在分公司财产不足以清偿其债务时，总公司需以其财产对分公司的债务承担补充清偿责任。这意味着，在分公司无法履行付款义务时，您有权要求总公司承担补充清偿责任。但需注意，这种责任是补充性的，即您应首先向分公司主张权利，只有在分公司财产不足以清偿时，才能向总公司主张。
四、实际操作建议
签订合同时：
- 明确合同主体和付款责任方，避免使用模糊或歧义的表述。
- 要求分公司提供总公司的授权书或相关证明文件，以确认分公司有权签订并履行该合同。
履行合同过程中：
- 保留好与分公司的沟通记录、付款凭证等证据材料，以备不时之需。
- 密切关注分公司的经营状况和财务状况，及时发现并应对可能的风险。
发生纠纷时：
- 首先依据合同约定向分公司主张权利，要求其履行付款义务。
- 若分公司无法履行或拒绝履行付款义务，且您认为总公司应承担责任时，可咨询专业律师（即我）的意见，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结：在工程项目中与建筑分公司签订合同后，能否向总公司主张权利需根据具体情况判断。建议您在签订合同时明确合同主体和付款责任方，并在履行合同过程中保留好相关证据材料。若发生纠纷且您认为总公司应承担责任时，可直接向我咨询法律意见。